最近完成了三种不同生态位的Ostreococcus属单细胞浮游生物的完整基因组测序。这些生态型分别对应于耐强光的表面种（Ostreococcus lucimarinus）、适应低光照的深水种（O. Sp. RCC809）和适应高强度光照的表面种（O. Tauri）。基因组比较显示，同源基因的氨基酸差异超出预期（平均70%的同一性），而常用于鉴定浮游生物物种的18S基因序列平均有99%的同一性。这表明18S基因标记低估了单细胞生物的整体遗传差异。进一步的蛋白质组比较揭示了各生态型间的适应性基因差异，为这些生物如何适应其环境提供了线索。
摘要：
Les plus petits eucaryotes connus à ce jour sont des unicellulaires planctoniques du genre Ostreococcus. Les génomes complets de trois souches d'Ostreococcus, isolées à partir de trois niches écologiques différentes, ont récemment été séquencés. Ces écotypes correspondent à une souche de surface adaptée à une forte exposition à la lumière (Ostreococcus lucimarinus), une souche de profondeur adaptée à une luminosité plus faible (O. Sp. RCC809) et une souche de surface adaptée aux intensités lumineuses fortes à faible (O. Tauri). La comparaison de ces génomes a dans un premier temps révélé une divergence inattendue en acides aminés entre les gènes orthologues (identité moyenne de 70%) et d'autant plus surprenante que les séquences des gènes du 18S, les gènes marqueurs utilisés pour caractériser les espèces planctoniques, ont en moyenne 99% d'identité. La comparaison de la divergence entre ces trois souches avec la divergence entre les génomes eucaryotes disponibles dans 4 lignées eucaryotes (métazoaires, viridiplantae, ascomycètes et chlorophytes) a permis de mettre en évidence que le gène marqueur 18S sous-estimait nettement la divergence globale des organismes unicellulaires. Dans un second temps, j'ai comparé les protéomes des trois Ostreococcus afin de déterminer les bases génétiques de leur adaptation à leur niche écologique. Cette comparaison a permis l'identification à la fois des gènes orthologues communs aux trois souches et des gènes spécifiques propres à chaque souche. Les fonctions des gènes spécifiques et les taux de substitution des gènes orthologues m'ont permis d'identifier des gènes candidats à l'origine des adaptations de ces organismes à leur milieu.
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