R语言：R2OpenBUGS

 

R语言：R2OpenBUGS

用这个包调用BUGS model,分别用表格和图形概述inference和convergence，保存估计的结果

as.bugs.array 转换成bugs object

函数把马尔科夫链估计结果（不是来自于BUGS），转成BUGS object，主要用来plot.bugs 展示结果。

as.bugs.array(sims.array, model.file=NULL, program=NULL, DIC=FALSE, DICOutput=NULL, n.iter=NULL, n.burnin=0, n.thin=1)

sims.array ：3维数组 n.keep, n.chains和combined parameter vector的长度

model.file ： OpenBUGS编写的.odc 模型文件

DIC ： 是否计算DIC曲线

DICOutput ： DIC值

n.iter ：生成sims.array 每条chain 迭代数

n.burnin ：丢弃的迭代次数

n.thin ：thinning rate

attach.all 添加数据到搜索路径

The database is attached/detached to the search path，While attach.all attaches all elements of an object x to a database called name, attach.bugs attaches all elements of x$sims.list to the database bugs.sims itself making use of attach.all.

attach.all(x, overwrite = NA, name = “attach.all”) attach.bugs(x, overwrite = NA) detach.all(name = “attach.all”) detach.bugs()

x : bugs 对象

overwrite ：TRUE 删除全局环境中被掩盖的数据， NA 询问，FALSE

name : 环境name

bugs 最重要，用R运行bugs

自动输入值，启动bugs，保存结果

bugs(data, inits, parameters.to.save, n.iter, model.file=“model.txt”, n.chains=3, n.burnin=floor(n.iter / 2), n.thin=1, saveExec=FALSE,restart=FALSE, debug=FALSE, DIC=TRUE, digits=5, codaPkg=FALSE, OpenBUGS.pgm=NULL, working.directory=NULL, clearWD=FALSE, useWINE=FALSE, WINE=NULL, newWINE=TRUE, WINEPATH=NULL, bugs.seed=1, summary.only=FALSE, save.history=(.Platform$OS.type == “windows” | useWINE==TRUE), over.relax = FALSE)

data ：模型中使用的数据

inits ：n chain 的元素列表，每一个要素是一个模型初始值列表，或者一个生成初始值得function

parameters.to.save ： 需要被记录的参数名向量

model.file ： model 文件.txt

n.chains : 默认3条

n.iter ：每条链的迭代次数，默认2000

n.thin ： Thinning rate. 正整数，默认是1，

saveExec ：使用basename(模型.file)保存OpenBUGS执行的重新启动映像。

restart ：执行从上次执行的最后状态恢复，存储在工作目录中的.bug文件中。

debug ： 默认FALSE,正在运行行时Openbugs 页面关闭

DIC ：计算deviance,，pD，和DIC。

digits ：有效小数位数

codaPkg ：FALSE 返回 bugs对象，否则输出，用coda 包 read.bugs 读取，

OpenBUGS.pgm ：通向OpenBUGS可执行程序的完整路径。

working.directory：OpenBUGS的输入和输出将存储在此目录中;

clearWD ：是否这些文件的“data.txt”、“init(1:n.chains). txt”,“log.odc”、“codaIndex.txt”和“coda[1:nchain].txt”结束时删除。

bugs.seed ：OpenBUGS随机种子，1-14整数

summary.only ： TURE ,仅对非常快速的分析给出了一个参数概要

save.history : TURE,最后画出trace

# An example mode