GC偏好的校正与偏好程度的评估

在二代测序仪上测出的数据，通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性，称为GC bias。

GC bias校正

为了后续生物信息分析更加准确，通常需要做GC bias的校正。

2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood提出将GC content画出bin，并算出每个GC bin里的tags number的平均值，

然后将同一个GC bin里的其它depth除以这个平均的tags number值，得到一条曲线：

后来进一步改进，现在常用的LOESS回归的方法进行GC bias校正。

GC bias程度的评估

2013年 A Single Cell Level Based Method for Copy Number Variation Analysis by Low Coverage Massively Parallel Sequencing提到一种GC bias程度的计算：

 

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