用 phylomatic 软件生成的进化树

最新推荐文章于 2025-09-07 01:02:55 发布
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文章标签： python php
原文链接：http://www.cnblogs.com/liuhui0622/p/4302482.html
本文介绍了如何使用Phylomatic软件根据APGIII的植物科系统发育关系，结合植物名录生成进化树。首先，从指定源下载并安装plantlist，接着导入物种信息，查询物种所属的科属，然后在Phylomatic中输入科属种列表，选择特定参数生成newick格式的进化树。最后，使用Fig Tree进行进一步处理。

用 phylomatic 软件生成的进化树

Phylomatic是在线软件，可以利用植物名录，按照APGIII的被子植物科的拓扑结构，生成进化树。

参考 张金龙博士

工作目录
setwd("E:\\my_research\\my_scripts\\植物转录组发育进化树")
安装 plantlist
install.packages("E:/my_research/my_scripts/植物转录组发育进化树/plantlist_0.0.12.zip", repos = NULL)
引用信息 plantlist_0.0.12.zip http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=255662&do=blog&id=816837
plantlist 的依赖包
library(openxlsx) 
libr
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