FunciSNP 总结

最近需要用到FunciSNP包来帮处理一些SNP的数据。

最开始感觉这个package有些复杂，后来才发现其实很简单，只要两个input文件即可。

这个package的主程序为：

getFSNPs(snp.regions.file = "SNP file path", bio.features.loc = "Biofeature directory path")

SNP file path 就是你的SNP文件所在的path。 SNP文件需要三列的格式

　　V1　　V2　　V3

1 11：123352　　rs234546432　　EUR

分别代表：chromosome:location　　SNP ID　　population

2 xxxx　　xxxx 　　xxxx

Biofeature directory path则是.bed file所在的文件夹

注意，这里是文件夹名称而非文件名称，因为biofeature可以有很多个。

.bed file一般是某些转录因子的chip-seq data。配合以自带的DNase seq， FAIRE seqdata， CTCF data等等找到可能的functional SNP。

 

 

转载于:https://www.cnblogs.com/foreverycc/archive/2013/05/04/3058696.html