MaxQuant是一款广泛用于蛋白质组学DDA数据分析的金标准工具，支持LFQ和Label分析，并可在Linux环境下运行。其核心是Andromeda搜索引擎，通过target-decoy策略控制假阳性率。本文简要介绍了MaxQuant在DDA数据分析中的基本步骤，包括导入数据、设置参数、配置fasta文件、鉴定打分和运行分析等。
MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学DDA数据采集模式下的数据定量分析金标准，现在广泛应用于DDA数据分析，支持LFQ和Label的数据分析。
MaxQuant 支持Windows和Linux(Linux版基于mono)
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基本工作原理：
支持市面上几乎所有仪器设备的原始Raw文件，其搜库引擎采用了Andromeda，针对不同的方法采用自定义评分方案，对每种特定的碎片化技术的多肽鉴定进行优化，最后利用target-decoy搜索策略估计FDR和控制肽段鉴定种的假阳性。
下面简单介绍常规的DDA中Label-free的分析步骤：
1)打开 MaxQuant 选择导入数据(可以选择导入文件或者文件夹)
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