近日,根据南京大学测试要求,连众技术小组运用分子动力学领域的顶尖模拟软件VASP及Gromacs进行了几项专业测试,用试验数据来检验S9200WK服务器的性能。从中得到了一些真实的试验数据供大家参考。
用于性能对比的部分测试服务器配置:
配置一:S9200WK服务器(搭载 Xeon 9242)
CPU: Intel Xeon Platinum 9242 (ES) *2
核心: 96
三级缓存 143MB
基频: 2.20GHz (ES)
内存: 384GiB(16GiB*12*2) DDR4-2933
配置二:基于 EPYC 7542 的服务器
CPU: AMD EPYC 7542 *2
核心: 64
三级缓存: 256MB
基频: 2.9GHz
内存: 512GiB(32GiB*8*2) DDR4-3200
配置三:基于 Xeon 8280L 的服务器
CPU: Intel Platinum 8280L *4
核心: 112
三级缓存: 154MB
基频: 2.70GHz
内存: 384GiB(16GiB*6*4) DDR4-2933
VASP模拟测试
注:VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。
测试项目:32个水分子的静态结构自洽计算
软件版本:VASP 5.4.4 (关键参数:NPAR=4 编译器:Intel 2018编译优化二进制版)
测试设施:上海连众高性能计算实验室
测试者:连众技术小组
测试结果:Node*CPU*SoltCoreTime/s↓Compare
1* AMD Zen2 7542 *264888100%
1* Intel 9242 *296466191%
1* Intel 8280L *4112472188%
1* Intel 2680v3 *224288431%
2* Intel 2680v3 *2 (FDR)48154957%
3* Intel 2680v3 *2 (FDR)72131368%
1* Intel 6148 *240171652%
1* Intel 6248 *24099090%
测试项目:RuO2(110)切面模型优化
软件版本:VASP 5.4.4(关键参数:NPAR=4 编译器:Intel 2018编译优化二进制版)
测试设施:上海连众高性能计算实验室 测试者:连众技术小组
测试结果:Node*CPU*SoltCoreTime/s↓Compare
1* AMD Zen2 7542 *2641046100%
1* Intel 9242 *296504208%
1* Intel 8280L *4112496211%
1* Intel 2680v3 *224308040%
2* Intel 2680v3 *2 (FDR)48155367%
3* Intel 2680v3 *2 (FDR)72118888%
1* Intel 6148 *240146272%
1* Intel 6248 *2401023102%
测试项目:高分辨率数值模拟 (3km分辨率,1081*721*50网格数)
软件版本:VASP 4.1.1(编译器:Intel 2018编译优化二进制版)
测试设施:上海连众高性能计算实验室 测试者:连众技术小组
测试结果:Node*CPU*SoltCoreTime/s↓Compare
1* AMD Zen2 7542 *2642.9100%
1* Intel 9242 *2962.2132%
1* Intel 2680v4 *2288.933%
15* Intel 2680v3 *23601.2158%
20* Intel 2690v2 *24000.75387%
Gromacs模拟测试
注:GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。
测试项目:碳纳米管与细胞膜相互作用 (150544个原子)
软件版本:Gromacs 2016.6(编译器:Intel 2018编译优化二进制版)
测试设施:上海连众高性能计算实验室 测试者:连众技术小组
测试结果:Node*CPU*SoltCoreAVXns/day↑Compare
1* AMD Zen2 7542 *264AVX228.82100%
1* Intel 9242 *296AVX239.41137%
4* Intel 2680v3 *2 (FDR)96AVX226.8093%
1* Intel 6140 *472AVX219.1366%
1* Intel 6248 *240AVX51211.9441%
2* Intel 6248 *2 (OPA)80AVX216.2656%
2* Intel 6248 *2 (OPA)80AVX51217.7762%
4* Intel 6248 *2 (OPA)160AVX51239.14136%