R语言|forest plot

最新推荐文章于 2024-01-05 09:05:40 发布

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本文介绍了如何利用R语言中的foestplot包来绘制森林图，这种图表常见于Meta分析，展示不同组间的效应量及置信区间。

R|foestplot包绘制森林图forest plot

小编今天给大家分享的是foestplot包绘制组间差异比对图（森林图forest plot）相关方法。森林图(forestplot)常用于Meta分析，可用于表达统计指标的效应量和置信区间。

绘图示例

#安装包
#install.packages("forestplot")
#加载包
library(forestplot)
#输入文件
inputFile="input.txt"
#输出文件
outFile="forest.pdf"
#设置路径
setwd("G:\\RStudio\\38.forest") 
#读取文件数据
rt=read.table(inputFile,header=T,sep="\t",row.names=1,check.names=F)

在这里插入图片描述

#绘制森林图函数
gene=rownames(rt)#读取基因列
hr=sprintf("%.3f",rt$"HR")#获取HR列取小数点后3位
hrLow=sprintf("%.3f",rt$"HR.95L")#获取95%置信区间取HR.95L列小数点后3位
hrHigh=sprintf("%.3f",rt$"HR.95H")#获取95%置信区间HR.95H列小数点后3位
pVal=ifelse(rt$pvalue<0.001, "<0.001", sprintf("%.3f", rt$pvalue)) #获取P值
Hazard.ratio=paste0(hr,"(",hrLow,"-",hrHigh,")")#合并为一个数据集

#输出图形
#pdf(file=outFile, width = 6, height =4.5)
n=nrow(rt)
nRow=n+1
ylim=c(1,nRow)
layout(matrix(c(1,2),nc=2),width=c(3,2))

#森林图左边的基因信息
xlim = c(0,3)
  par(mar=