10、可扩展参考基因组组装与野生猫识别的深度学习应用

于 2025-08-21 11:36:25 发布
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分类专栏： 大数据驱动智能未来 文章标签： 可扩展参考基因组组装 深度学习 野生猫识别
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可扩展参考基因组组装与野生猫识别的深度学习应用

可扩展参考基因组组装

在处理大量基因组数据时，高效压缩和存储这些数据至关重要，这有助于支持生物信息学工具的使用。泛基因组索引和参考基因组对于大规模的读取比对、变异检测和序列匹配等工作十分迫切。

压缩比率与时间分析
基因组数量（N） 未压缩大小 压缩后大小 压缩比率（CR） RLZ 压缩时间 Bowtie2 索引时间 临时参考基因组组装时间
1 2.82 GB 0.8 GB 3.53:1 - 555 min 919 min
50 141 GB 24.7 GB 5.71:1 68 min 58 min 89 min
100 282 GB 36.4 GB 7.74:1
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茄科四个参考基因组-文献精读41
weixin_44874487的博客
08-31 2262
东莨菪碱和莨菪碱（HS）是两种具有重要药用价值的莨菪烷生物碱，它们存在于茄科家族中多个关系较远的谱系中。在本研究中，我们测序了来自这些谱系的三种代表性HS产生物种的基因组，以及一种不产生HS的物种。我们的分析揭示了这三种HS产生物种中共同负责HS合成的生物合成途径。我们观察到在茄科家族中两类物种中与HS合成相关的基因高度共线性。通过在关键位点引入功能获得和功能丧失突变，我们分别验证了两类物种中与HS合成相关的关键基因功能的减少/丧失或重新激活。
植物泛基因组学及其应用-文献精读56（地表最强综述）
weixin_44874487的博客
10-02 1782
植物基因组具有高度多样性，以至于个体之间有相当一部分基因组序列不共享。这些可变的DNA序列与保守的核心序列一起，构成了更复杂的泛基因组，代表了物种中所有非冗余DNA的集合。随着基因组测序技术的快速进展，植物泛基因组研究正在加速推进。在此，我们回顾了植物泛基因组学的最新进展，包括构成可变序列的结构变异的主要驱动因素、用于展示泛基因组的方法创新，以及构建植物泛基因组的重大成果。我们还总结了近期在解码端粒到端粒或无缺口植物基因组中的“暗物质”方面的努力。
大花蔷薇T2T基因组-文献精读分享60
weixin_44874487的博客
10-06 2487
玫瑰是一种全球广泛栽培的重要观赏作物，用于香水生产。然而，由于缺乏茶玫瑰的参考基因组，我们对其香气生成机制及香味分子育种的理解受到了限制。我们提供了首个完整的端粒到端粒（T2T）的高质量大花蔷薇基因组（QV > 60），其中详细描述了重复区域的结构特征。与苯丙烷类生物合成相关基因的扩展可能解释了其独特的茶香味。通过比较基因组学和时序基因共表达网络，我们揭示了芳香挥发性有机化合物的释放节律及其基因调控网络。对丁香酚同源基因的分析展示了植物如何通过在特定组织中使用特化的苯丙烷类化合物吸引传粉者。
iMeta | 中国农科院深圳基因组所陶永富组完成高粱T2T基因组组装
悟道西方
04-21 303
点击蓝字 关注我们完整组装两个端粒到端粒的高粱基因组以指导生物学发现iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.193●2024年4月5日，中国农业科学院深圳农业基因组所陶永富团队在iMeta在线联合发表了题为 “Complete telomere-to-telomere assembli...
光荚含羞草基因组-文献精读26
weixin_44874487的博客
07-01 1755
光荚含羞草起源于热带美洲，具有独特的叶片运动特征，其运动速度相对较慢。此外，这种植物还具有固氮能力。尽管这些特性引人入胜，但由于缺乏光荚含羞草的基因组资源，相关综合研究一直受阻。
甘蔗基因组--文献精读30
weixin_44874487的博客
07-11 1357
甘蔗是一种具有重要经济和工业价值的作物。然而，由于其高倍性和两个亚基因组之间广泛的重组，栽培甘蔗的超复杂基因组仍未得到解决。在这里，我们为杂交甘蔗品种中蔗1号生成了染色体级、单倍型解析的基因组组装。该组装包含10.4 Gb的基因组序列和68,509个注释基因，这些基因分布在99条原始染色体和15条重组染色体中的两个亚基因组中。RNA-seq数据分析显示，与糖积累相关的基因家族主要从ZZSO亚基因组扩展出来。然而，响应pokkah boeng病易感性的基因主要来自ZZSS亚基因组。
通光散基因组-文献精读139
weixin_44874487的博客
06-04 803
通光散）是一种广泛分布于中国西南部富钙喀斯特地区的药用植物。然而，缺乏参考基因组限制了分子技术在其育种、药理学和驯化中的应用。我们通过结合SMRT测序和Hi-C技术，构建了夹竹桃科的染色体级基因组装配。该基因组长度为381.76 Mb，98.9%的序列位于11条染色体上。基因组包含222.63 Mb的重复序列和21,899个预测基因模型，contig N50为6.57 Mb。系统发育分析显示，通光散在大约1343万年前从大戟属植物分化。比较基因组学显示，通光散经历了古老的共有全基因组复制事件。
五种肉苁蓉属植物叶绿体基因组-文献精读25
weixin_44874487的博客
07-01 1753
肉苁蓉属是列当科的重要属类，具有重要的药用、经济和防治荒漠化的价值。然而，肉苁蓉属的系统发育关系尚不清晰。迄今为止，还没有有效的分子标记能够有效区分报道的肉苁蓉属近缘种类。在本研究中，我们获得并表征了来自中国的四种肉苁蓉属植物的叶绿体基因组，以澄清该属内的系统发育关系，并开发用于物种鉴定的分子标记。
贴梗海棠T2T基因组-文献精读40
weixin_44874487的博客
08-30 2461
贴梗海棠（Chaenomeles speciosa，2n=34）是一种蔷薇科的药用和食用植物，常用于传统中药中。然而，至今为止，缺乏基因组序列和遗传学研究阻碍了提高其药用价值的努力。在此，我们报告了一种整合性的研究方法，该方法结合了PacBio HiFi（三代测序）和Hi-C支架技术，组装了高质量的贴梗海棠端粒到端粒基因组。该基因组包含650.4 Mb，contig N50为35.5 Mb。
【叶绿体基因组解读】：GetOrganelle在数据分析中的核心应用
叶绿体基因组基础与重要性 ## 1.1 叶绿体基因组概述 叶绿体是植物细胞内的一个关键细胞器，它负责光合作用，是植物生长和能量转换的核心。叶绿体基因组是包含在叶绿体DNA中的全部遗传信息，它控制叶绿体的基本功能...
空间转录组 | 华大Stereo-seq在植物科学中的应用
Igenebook的博客
08-14 2505
除了揭示了葱属植物的基因组进化过程外，研究进行的病原体感染实验和比较代谢组学和基因组学分析表明，编码葱特有风味化合物代谢途径的酶的基因可能是从一个古老的未被鉴定的植物防御系统进化而来的，该系统广泛存在于许多植物谱系中，但在葱属植物中得到了广泛的促进。根茎是生长在地下的经过改造的茎，能产生与母株基因相同的新个体。相对于动物和医学领域，尽管空间组学在植物中的研究进展缓慢，最近一些在植物研究中的项目已成功应用于识别细胞类型，重建细胞命运谱系，并揭示细胞间的相互作用，这将大大推进我们对植物生物学关键方面的理解。
2024 Nature Medicine MINIM 生成式AI4医学影像人工智能模型
图挖掘领域，新晋砖家 ☞ 未来可期，欢迎和静静一起学习交流吖
12-24 1990
在许多临床和研究环境中，高质量医学影像数据集的稀缺阻碍了人工智能（AI）临床应用的潜力。在较不常见的病症、代表性不足的人群和新兴成像模式中，这个问题尤为突出，因为多样化和全面的数据集往往不足。为了应对这一挑战，我们引入了一个名为 MINIM 的统一医学图像 - 文本生成模型，该模型能够根据文本指令合成各种器官在不同成像模式下的医学图像。临床医生的评估和严格的客观测量验证了 MINIM 合成图像的高质量。
高级RNA结构预测揭秘：Vienna RNA扩展功能与应用的全面解读
[高级RNA结构预测揭秘：Vienna RNA扩展功能与应用的全面解读](https://opengraph.githubassets.com/60302c7205fe093a685ee13c22b0d58ca24ed7aeb80e1d5452df9906b86671d7/MariaNabil/Nussinov-algorithm) # 摘要 RNA...
遥感监测基于SAR数据的洪水变化检测：Sentinel-1影像阈值分割与多时相合成分析
12-02
内容概要：本文介绍了一项基于SAR（合成开口雷达）数据的洪水变化检测实践任务，重点在于利用Sentinel-1 GRD数据进行灾后监测。文中详细讲解了从数据获取、过滤、合成到变化检测与可视化展示的完整流程。由于SAR数据不受云层和昼夜影响，特别适用于灾害应急响应。通过对比洪水前后两个时间段的SAR影像，采用中值合成去噪、比值法计算变化指数，并通过阈值分割生成二值化的洪涝淹没图，最终在Folium地图中实现叠加可视化。; 适合人群：具备遥感基础知识和Python编程能力，熟悉Google Earth Engine平台操作的科研人员或高年级本科生、研究生；对灾害监测、环境变化分析感兴趣的技术人员；; 使用场景及目标：①掌握SAR数据在洪水等自然灾害监测中的应用方法；②学习如何在Earth Engine中处理Sentinel-1数据并实现变化检测；③构建完整的遥感变化检测分析流程，包括数据预处理、影像合成、阈值分割与结果可视化； 阅读建议：建议读者结合代码实例逐步实践，重点关注filterDate、median合成、divide运算和lt阈值处理等关键步骤的操作逻辑，并注意地理坐标顺序、图层叠加方式等细节问题，确保分析结果准确可靠。
基于Web与物联网的分布式智慧农业环境监测系统源码实现
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**项目资料：基于网络与物联网架构的分布式农业环境远程监控系统源代码** 本资料包提供了一套完整的分布式农业环境远程监控系统实现方案，该系统融合了现代网络技术与物联网架构，能够实现对农业生产环境的远程、实时、多节点监测与管理。系统源代码经过全面测试，各项功能运行稳定可靠，可供直接部署或二次开发使用。 该资料适用于计算机科学与技术、人工智能、通信工程、自动化、电子信息工程等相关专业的高校师生、科研人员以及行业技术人员参考学习与实践。对于希望深入理解物联网应用开发、分布式系统设计或智慧农业解决方案的学习者而言，本资料具有较高的参考价值。同时，其完整的项目结构也适用于毕业设计、课程设计、项目实践或作为特定功能模块的开发基础。 使用者可根据自身需求，在现有代码框架上进行功能扩展、算法优化或与其他系统进行集成。我们鼓励基于此代码进行合法的学习、研究与创新应用，并通过技术交流共同促进相关领域的技术发展。 资源来源于网络分享，仅用于学习交流使用，请勿用于商业，如有侵权请联系我删除！
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小车倒立摆的simulink仿真
12-02
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生信技术深度解析：基因组与转录本组装策略
在"综述与评论"部分，作者探讨了组装技术的最新发展和趋势，包括10X、Chicago和Hi-C等技术在基因组组装中的竞争，以及组装结果的评价和比较基因组学在进化和疾病研究中的作用。 "组装结果评估"章节提供了评估基因组...
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