dicom文件转为mhd，raw文件

最新推荐文章于 2024-01-09 19:34:55 发布

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文章讨论了如何修复dicom转mhd过程中负值像素被置零的问题，通过示例代码展示了修改过程。

之前在网上找了一些dicom转mhd文件的代码，但是跑模型效果不好，我就在ITK-SNAP上可视化了一下结果。发现转mhd后，所有小于0的像素都被置为0了。
所以修改代码，放到下面。

import numpy as np
import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

filesPath = r"E:\dataset\dcm\chenxiaodan"#放dcm文件

reader = sitk.ImageSeriesReader()
dicomFiles = reader.GetGDCMSeriesFileNames(filesPath)

reader.SetFileNames(dicomFiles)
dicom = reader.Execute()
#image = sitk.GetArrayFromImage(dicom)  # z,y,x
SimpleITK.WriteImage(dicom,'mhd/1.mhd')#转好的文件保存到1.mhd中