二、ChIA-PET2——2、安装R依赖包

最新推荐文章于 2024-07-03 19:24:09 发布
最新推荐文章于 2024-07-03 19:24:09 发布
阅读量442 收藏
点赞数 1
分类专栏： ChIA-PET2 文章标签： linux
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/viola_/article/details/117046291
版权
本文档详细介绍了如何在R环境中安装和测试ggplot2及VGAM包，包括启动R，安装data.table，以及依赖包stats4和splines的安装与测试。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

一、安装ggplot

1、启动R

(base) [root@node01 ~]# R

R version 3.6.0 (2019-04-26) -- "Planting of a Tree"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用
最低0.47元/天 解锁文章
chia-pet2
viola_的博客
05-24 1220
1、什么是ChIA-PET2？ 能够分析不同类型的ChIA-PET数据从原始的测序读段，形成染色质互作环（chromatin loops）的有效便捷的工具 ChIA-PET2整合了ChIA-PET数据分析的所有步骤，包括linker trimming，read alignment，duplicate removal，peak calling和chromatin loop calling 2、流程 3、命令 ChIA-PET2 -g genomeindex -b bedtoolsgenome -f fq1
二、ChIA-PET2——4、在conda虚拟环境安装ChIA-PET2依赖的软件
viola_的博客
06-09 659
首先要理解什么是虚拟环境，一个虚拟化，从电脑独立开辟出来的环境。通俗的来讲，虚拟环境就是把一部分内容独立出来，我们把这部分独立出来的东西称作“容器”，在这个容器中，我们可以只安装我们需要的依赖包，各个容器之间互相隔离，互不影响。譬如，本次学习ChIA-PET2需要用到python2.7或者其他python版本，做一个python2.7的虚拟环境，里面只需要安装ChIA-PET2相关包就可以了。 我在这里使用了conda，创建了虚拟环境。 ......
二、ChIA-PET2——1、安装依赖的环境
viola_的博客
05-18 755
1、安装zlib [fengyongxian@node01 ~]$ cd /home/fengyongxian/shm/tartar/zlib [fengyongxian@node01 zlib]$ tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz [fengyongxian@node01 zlib]$ cd /home/fengyongxian/shm/tartar/zlib/zlib-1.2.11 [fengyongxian@node01 zlib-1.2.11]$ ./configure [f
ChIA-PET2报错系列——ChIA-PET2调用不了
viola_的博客
05-20 374
Install ChIA-PET2 in /root/bin/ChIA-PET2_0.9.3 ... (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [root@node01 ChIA-PET2-0.9.3]# (base) [ro
VGAM | tobit模型
R语言学堂
05-02 2351
专注系列化、高质量的R语言教程推文索引 | 联系小编 | 付费合集本篇来介绍tobit模型，使用的工具包是VGAM。library(VGAM)目录如下：1 Tobit分布2 tobit模型3 运行模型例1例2例34 其他1 Tobit分布tobit模型主要应用于因变量存在删失的情况。以正态分布为例，变量的取值范围理论上应为，但实际取值范围只是某个区间。例如在做调查时，年收入在一定区间范围内需要精确...
数据原理——2、ChIA-PET
viola_的博客
07-10 4457
一、背景介绍 利用成对末端标记序列（ChIA-PET）进行染色质相互作用分析是一种将功能染色质结构转化为数百万个短标记序列的方法 配对末端标签测序ChIA-PET技术应用了PET测序技术的基本原理。PET测序技术的独特之处在于构建配对末端测序模板。从目的DNA片段两个末端提取短标签并将它们配对构成一个PET，对PET进行高通量测序，利用标签序列定位目的DNA片段在基因组中的位置。为了获得短标签，将目的DNA片段两个末端分别与设计好的半连接子(linker)相连。半连接子为具有MmeI限制性内切酶识别位点的
R语言基于VGAM包进行广义可加模型(1)
dege857的博客
07-25 3371
广义可加模型( generalized additional model，GAM)是对传统广义线性模型的非参数拓展，可有效处理解释变量与效应变量间复杂的非线性关系. 它有许多优点:能直接处理响应变量与多个解释变量之间的非线性关系;能应用非参数的方法检测数据结构，并找出其中的规律，从而得到更好的预测结果;以数据而不是模型“说话”; 不需要假定数据分布等;因而更适用于生态学，特别是调查数据。近年来，广义可加模型在生态学中已经得到了广泛使用. GAM 是广义线性模型(generalized linear mod-
ggplot2安装失败解决方案
W_chuanqi的博客
08-22 5262
今天在学习R语言的时候，在安装 ggplot2 时出现了异常。安装 ggplot2 成功。
R语言3.6版本安装ggplot2报错解决方法
邓飞----育种数据分析之放飞自我
08-22 9015
现在最新的R版本是4.2.1，因为有些包只能运行在3.6版本中，因此我需要安装3.6，这里安装常用的ggplot2时报错了，总结一下问题解决的方法。继续安装pillar，编译安装，安装成功后，继续安装ggplot2，如果哪个包报错，就安装哪个包。看起来，主要是因为rlange这个包版本太低，应该是大于1.0.0，现在是0.4.11.可以看到，我的R版本是3.6.3，ggplot2的版本是3.3.6，搞定！可以看到，上面的R版本是3.6.3，rlang的版本是1.0.1，搞定。
R语言下安装ggplot2：Warning message:package ‘ggplot2’ is not available (for R version 3.4.4)
最新发布
m0_64473560的博客
07-03 1563
sudoapt update-qqsudowget-qO-sudotee-asudo$(-cs-cran40/"然后运行安装 R 及其依赖项。最后进入R命令行，安装ggplot2：总结：感觉比较麻烦，性价比不高。。。
R载入需要的程辑包：rJava Error
weixin_34399060的博客
03-19 2892
> library(xlsx) 载入需要的程辑包：rJava Error : loadNamespace()里算'rJava'时.onLoad失败了，详细内容： 调用: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...) 错误: unable to load shared object 'C:/Program Files/R/R-3...
R语言 解决不能安装包的问题install.packages() cannot open url
热门推荐
yepeng2007fei的博客
07-26 3万+
有朋友最近经常碰到使用install.packages()遇到问题报错，错误经常是类似于： cannot open url  以及http status was '404 not found'。 这种问题一般是由于cran下载镜像造成的，使用外国的镜像在下载包的时候时不时会出现这样的错误。 那么问题的解决也很简单，就是设置切换成国内的镜像： 1. Rstduio ——>Tools ——>Gl
Ubuntu 18.04 安装 chia 1.1.5
mixboot
05-11 2390
Ubuntu 18.04 安装 chia 1.1.5一、安装依赖二、安装chia1.命令行界面1.1 创建私钥 和 助记词1.2 运行farmer1.3 查看命令2.图形界面 一、安装依赖 系统版本 Ubuntu 18.04.5 图形界面，不要使用root登录图形界面（chia 图形界面） sudo apt-get update sudo apt-get upgrade -y sudo apt-get install python3.7-venv python3.7-distutils python
关于R包部分不能直接install.packages()安装的问题，或提示版本有问题的解决方案①
sinat_36268769的博客
03-03 2107
在R官方镜像网站下载对应工具包到本地直接安装 （如常报错的ggplot2和rlang包4.10等可有效解决） https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 在左侧栏选择packages选项 选中需要安装的包 点击 Package source链接下载tar.gz文件 在Rgui界面本地安装即可 部分生信包可在BiocManager中安装 ...
RNA-seq流程学习笔记（15）-使用DESeq2进行差异基因分析
垚垚爸的博客
06-23 3万+
参考文章： 转录组入门7-用DESeq2进行差异表达分析 Analyzing RNA-seq data with DESeq2 1.关于DESeq2的概述 A basic task in the analysis of count data from RNA-seq is the detection of differentially expressed genes. The count data are presented as a table which reports, for each sample
安装R package的2种方法
superbfly的专栏
05-19 1万+
1. 自动安装 在R的控制台,输入 install.packages("stepNorm",contriburl="http://www.your.url",dependencies = TRUE) 若要指定安装目录 (e.g. "mydir")，则输入 install.packages("stepNorm",contriburl="http://www.biostat.u
R语言package无法安装的解决办法
JL25的专栏
11-06 1万+
RStdio环境下： 首先查看R的版本是否对应package需要的版本。升级或降级R的版本。 切换成对应的版本。Tools - Global Option - R Version - Change 如果报错"操作超时，连接失败"等网络无法访问类的问题，修改CRAN镜像，Tools - Global Option - Package - CRAN mirror - Change - C
ChIA-PET2: command not found
05-19
ChIA-PET2是一款用于分析染色质相互作用（Chromatin Interaction）的软件工具，它可以从ChIA-PET（Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing）测序数据中检测到DNA序列之间的相互作用，进而研究...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值