ubuntu虚拟机使用笔记——8、生信分析包

最新推荐文章于 2024-07-24 08:51:26 发布
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#ubuntu #生物信息学

本文档详细记录了在Ubuntu虚拟机中安装生物信息学相关软件的步骤，包括zlib、bedtools、samtools、gcc、build-essential、ChIA-PET2和BWA的安装过程，确保在所有依赖都满足的情况下顺利完成安装。

1、安装zlib

sudo apt install zlib1g-dev

2、安装bedtools

sudo apt-get install bedtools

3、安装samtools

先安了个这个包

sudo apt-get install libncurses5-dev

安装samtools

sudo apt-get install samtools

4、安装gcc


                

                
                
        

    



  


        

            

                      
                        最低0.47元/天 解锁文章
                          
                      
            

        


    



                



	

		

			

				
					
零基础入门生信转录组数据分析——导读

				
			

			

				

					呆猪儿的博客
				

				

					10-18
					
					1万+
					
				

			

		

		

			
				
转录组数据分析（上游，下游，数据可视化）专栏的目录，可以直接通过点击各个分析点直接跳转到相关帖子，方便查找和观看

			
		

	



                

            
              



	

		

			

				
					
二、ChIA-PET2——4、在conda虚拟环境安装ChIA-PET2依赖的软件

				
			

			

				

					viola_的博客
				

				

					06-09
					
					706
					
				

			

		

		

			
				
首先要理解什么是虚拟环境，一个虚拟化，从电脑独立开辟出来的环境。通俗的来讲，虚拟环境就是把一部分内容独立出来，我们把这部分独立出来的东西称作“容器”，在这个容器中，我们可以只安装我们需要的依赖包，各个容器之间互相隔离，互不影响。譬如，本次学习ChIA-PET2需要用到python2.7或者其他python版本，做一个python2.7的虚拟环境，里面只需要安装ChIA-PET2相关包就可以了。

我在这里使用了conda，创建了虚拟环境。

......

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
一文解决 | Linux（Ubuntn）系统安装 | 硬盘挂载 | 用户创建 | 生信分析配置

					
最新发布

				
			

			

				

					BioinfoDu
				

				

					07-24
					
					1794
					
				

			

		

		

			
				
注意：我们文章中只是总结了一部分内容，很多详细的内容，都需要自己有正对性的设置，大家可以尽情地“度娘”。中，@九筒同学的教程，这个教程他在23日刚做了更新，比较全面，我们就直接引用他的教程即可。若是这个教程，无法满足您的需求，那么你也可以继续查找其他的教程，在网上一搜索，会有很多个教程。用户还需要一个密码。是一个用于更改用户密码的命令，或者具有管理员权限的用户可以更改其他用户的密码。对于制作启动盘的工具更多，我们这里只是进行介绍我们本次安装时所使用到的工具，其余的工具，大家可以结合自己实际情况而定。

			
		

	





	

		

			

				
					
二、ChIA-PET2——1、安装依赖的环境

				
			

			

				

					viola_的博客
				

				

					05-18
					
					840
					
				

			

		

		

			
				
1、安装zlib
[fengyongxian@node01 ~]$ cd /home/fengyongxian/shm/tartar/zlib
[fengyongxian@node01 zlib]$ tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz
[fengyongxian@node01 zlib]$ cd /home/fengyongxian/shm/tartar/zlib/zlib-1.2.11
[fengyongxian@node01 zlib-1.2.11]$ ./configure
[f

			
		

	



		

			
		



	

		

			

				
					
二、ChIA-PET2——2、安装R依赖包

				
			

			

				

					viola_的博客
				

				

					05-19
					
					496
					
				

			

		

		

			
				
一、安装ggplot
1、启动R
(base) [root@node01 ~]# R

R version 3.6.0 (2019-04-26) -- "Planting of a Tree"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence

			
		

	





	

		

			

				
					
生信技能树linux虚拟机,生信人的linux考试-生信技能树学习笔记

				
			

			

				

					weixin_32533957的博客
				

				

					04-29
					
					734
					
				

			

		

		

			
				
一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。mkdir testcd testmkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txttouch ./1/2/3/4/5/6/7/8/9/me.txttree.└── 1└──...

			
		

	





	

		

			

				
					
ubuntu服务器开放端口_生信第一步购买腾讯云服务器搭建自己的生信分析环境

				
			

			

				

					weixin_39632397的博客
				

				

					11-25
					
					841
					
				

			

		

		

			
				
因为原先台式机够用(其实是因为懒)，虽然看了jimmy的公益、优质教学但是没实实在在的操练过。现在因为疫情，就不去实验室了，小命要紧，居家办公，笔记本就不够看了。一遍操练下来，发现光看不练完全没用。。。学了不操练，等于没学。买服务器这一步我就不写了，直接进入正题。 一.腾讯云服务器-构建生信分析环境01.硬盘设置挂载数据盘，我先买了200G的云数据盘，暂时够用，手动挂载后，需要进入服务...

			
		

	





	

		

			

				
					
基础生信分析——deseq2包

				
			

			

				

					weixin_55480513的博客
				

				

					04-05
					
					5381
					
				

			

		

		

			
				
测序数据的表达矩阵通常包含了基因组数据分析的关键信息。一般来说，表达矩阵中的数据包括：基因表达水平： 表达矩阵中的每一行代表一个基因，每一列代表一个样本。矩阵中的每个元素通常表示相应基因在相应样本中的表达水平，可以是原始计数值或标准化后的表达值（如FPKM、TPM等）。样本信息： 表达矩阵中通常还包含了关于每个样本的信息，比如样本ID、类型（如对照组、实验组）、处理条件等。这些信息有助于进一步的数据分析和解释。注释信息： 表达矩阵可能还包含了基因的注释信息，比如基因的ID、基因名、功能等。

			
		

	





	

		

			

				
					
基础生信分析——easyTCGA包

				
			

			

				

					weixin_55480513的博客
				

				

					04-05
					
					2095
					
				

			

		

		

			
				
TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库是一个大型的癌症基因组学项目，旨在通过对多种癌症类型的分子特征进行全面的分析，深入理解癌症的发生机制和发展过程。以下是关于TCGA数据库的一些重要信息：数据来源：TCGA项目整合了来自世界各地的研究机构和实验室的癌症样本数据，涵盖了多种类型的癌症，如乳腺癌、肺癌、大肠癌等。数据类型：TCGA数据库包含了大量的分子生物学数据，包括基因组序列、基因表达、CNV（拷贝数变异）、蛋白质表达、甲基化等数据。

			
		

	





	

		

			

				
					
R语言做生信分析系列（一）—— R软件简单安装

				
			

			

				

					qq_30841655的博客
				

				

					09-11
					
					2735
					
				

			

		

		

			
				
windows极简安装R

			
		

	





	

		

			

				
					
手把手教你生信分析平台搭建（一）

				
			

			

				

					xxxie_的博客
				

				

					06-28
					
					4546
					
				

			

		

		

			
				
很多读者想学习生物信息分析，而生物信息分析是一项实践性很强的工作，因此我们推出《生物信息分析平台搭建》系列，手把手教你搭建属于自己的生物信息分析系统，为了便于练习，我们将在虚拟机中进行练习，当熟练之后，在逐步上手实体机或云服务器。

			
		

	





	

		

			

				
					
生信分析电脑推荐_ubuntu20.04正式发布，未来五年生物数据分析主流平台

				
			

			

				

					weixin_42537919的博客
				

				

					12-10
					
					897
					
				

			

		

		

			
				
十年前，我在ubuntu的网站上填写了一个地址，没想到几周之后，我收到了一个快递，是从加拿大邮寄过来的，是ubuntu公司给我寄来的一张安装CD，是ubuntu 10.04版本。十年之后，ubuntu系统已经取得了非常大的进步，目前已经是Linux世界重要的一个分支。今日，也就是4月23日，正式发布了ubuntu 20.04 LST，这又是一个长期支持的版本。Ubuntu 16.04很多人可能好奇...

			
		

	





	

		

			

				
					
生信技能树linux虚拟机,【生信技能树】Linux练习

				
			

			

				

					weixin_42191480的博客
				

				

					04-29
					
					724
					
				

			

		

		

			
				
一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9$ tree第一题结果截图二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt$cd 1/2/3/4/5/6/7/8/9$touch me.txt$ls第二题结果截图三、在...

			
		

	





	

		

			

				
					
Ubuntu 20.0.4 linux生信服务器笔记

				
			

			

				

					清风的博客
				

				

					09-18
					
					847
					
				

			

		

		

			
				
Linux生信服务器备忘

			
		

	





	

		

			

				
					
生信装虚拟机好还是云服务器,学习小组Day2笔记--潘潘

				
			

			

				

					weixin_42514002的博客
				

				

					08-12
					
					769
					
				

			

		

		

			
				
linux的初识虚拟机之前看中国大学mooc上自学过一点linux系统，并且在自己的电脑上安装了虚拟机，但是学完没有再自己钻研，linux命令也没记住几个，自己的电脑也带不起来实验数据，所以虚拟机就一直被我搁置。服务器我们实验室有个专门搞生信的师兄(贼大佬，背地里夸奖一番)，他刚好手里有台本地服务器，我目前手头需要用到Rstudio Server,所以麻烦他帮我创建了一个服务器上的账户，但是对于服...

			
		

	





	

		

			

				
					
vmware Linux导出导入,我的生信入门day1虚拟机安装 bio-linux导入

				
			

			

				

					weixin_33480732的博客
				

				

					05-14
					
					464
					
				

			

		

		

			
				
一个园艺专业，导师是生信的。初涉生信，十分迷茫，磕磕绊绊总算是迈出艰难的第一步：安装好了virtualbox 导入 bio-linux，对我这个电脑白痴来说，并不那么容易。1.下载 virtualbox只需要搜索官网即可，比较容易的一步。2.下载 bio-linux不太顺利。我以为是我的c盘太满了，于是就找了一些清盘的办法(电脑一窍不通，怕删除)，这个操作后来出现了问题。一开始是下载特别慢，而且来...

			
		

	





	

		

			

				
					
生信-ubuntu安装hhblits

				
			

			

				

					Gentlezzx的博客
				

				

					08-18
					
					1281
					
				

			

		

		

			
				
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install hhsuite

hhblits -h验证安装成功



			
		

	





	

		

			

				
					
0001-【linux系统】-用于生物信息分析该如何安装ubuntu系统？

				
			

			

				

					leadingsci的博客
				

				

					06-02
					
					6445
					
				

			

		

		

			
				
1. 生信软件系统的选择——Linux（ubuntu）

对于生信分析人员来说，日常工作，软件运行，跑流程，均在linux下操作。当然，也有基于云端的生信分析平台，如免费的Galaxy，或者某些 公司的一站式云平台。

比较初学者学生物信息还是使用开源软件、学原理、一步一步运行才有意思。这路子，一定要适应Linux的命令行界面。


选择windows还是linux？ 一定是linux，windo...

			
		

	





	

		

			

				
					
一些奇怪的问题合集

				
			

			

				

					wenbin66666的博客
				

				

					04-11
					
					308
					
				

			

		

		

			
				
主要涉及生信软件安装与使用

			
		

	





	

		

			

				
					
ubuntu做生信分析

				
			

			

				

					02-02
				

			

		

		

			
				
Ubuntu是一种常用的操作系统，“生信”是指生物信息学领域的研究和应用。Ubuntu作为一种开源操作系统，在生物信息学领域中得到了广泛的应用和认可。  首先，Ubuntu操作系统具有开源的优势，可以免费获取并自由使用。...

			
		

	



              




          




        



    





    



      

      

        
      

      





	

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成就一亿技术人!

          

          

        

        

          

          

            领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝
            规则
          

        

      

      

        

          

            
              
            
            

              
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