R语言与生物信息学

Shiny从0.10升级到0.10.1或0.10.2后Shiny server无法正确显示APP中的中文，

shiny应用程序中的图像互动目前主要有两种类型：R绘图：完全由R在服务器端生成图像并产生互动效果js绘图：服务器端R处理并提供数据到客户端，由客户端浏览器通过js插件完成绘图和互动js图像互动方法跟R图形系统毛关系都没有，但和R绘图相比，它的数据传输量小速度快，很适合网络展示，感兴趣的可以看看 rCharts 。本文只关心原生的R绘图互动效果的产生方法。但应用这种方法之前首先警告

1 数据响应只要运行过shiny应用程序，你肯定已经看到shiny对用户数据的响应是“即时”的：只要数据发生改变，服务器就会重新处理这些数据并呈现新的结果。默认情况下，如果server端某个代码块包含有一些input，那么无论哪个input的值发生变化时这个代码块就会再运行一次。这部分没用太多新的内容，我们补充说明一个函数：reactive。前面我们使用的server端函数都是自动

页面布局考虑HTML元素在浏览器窗口中的展示位置和顺序。一般情况下，一个shiny程序只需要一个展示窗口，其布局应该很简单随意。然而，shiny把这部分设计得相当复杂，提供了很多相关的函数。这些函数都是在shinyApp的ui参数内使用的，为了方便本文暂把它们称为“UI函数”。在上一节的内容中我们知道，通过tags列表的设置我们完全可以解决HTML页面元素产生和页面布局的问题，为什么shiny

前面3节的内容都没有涉及数据处理，恐怕有人等不及了。R语言的强项是统计和图形处理，拿它去做网页设计是不是舍本逐末？确实，我觉得也是这样。如果不是为其他客户专门开发的应用，我们不应把时间浪费在外观设计上。多关心数据，多考虑我们需要获得的结果。本文先介绍shiny的输出方法，后面再介绍数据输入和响应。这里说的“输出”是动态的输出或必需使用R函数处理才能够获得的输出。完全静态的文字或图像的输出应把它

shiny程序的数据按来源可分为服务器数据、外网数据和用户在线提供的数据等，它们可通过web或R函数获取。外网数据和服务器数据多以文件方式存在，状态相对稳定，属于静态数据，获取较简单。shiny主要关注用户数据的处理，提供了很多相关的函数。1 静态数据处理1.1 shiny程序的目录结构先理解两个概念：当前R工作目录和shiny程序网站（网页）目录。以名称为 test

Debian Wheezy 7.1

学习Shiny和编辑调试Shiny程序你得养成查看HTML源代码的习惯。在前面的例子中你可能已经发现：写Shiny程序其实就是用“R语言的方式”编写网页。“R语言的方式”，就是函数的方式。Shiny把HTML很多页面元素代码的产生过程“包装”成了特定的函数，我们只需要调用这些函数就能产生固定模式的HTML代码。事实上，shiny中能够使用的很多HTML相关的函数都不是shiny包自身提供的，本

想完整地写一系列有关Shiny使用方法的文章已经很久了。有名人说过：“学习的最好方法是努力把别人教会”，我只是希望通过总结能较全面地掌握Shiny的用法而已。所以，如果本系列博文如最终能如愿出炉，获益的读者请不要太过感谢我，只希望在转载文章时说明出处即可。1 Shiny是什么？首先，Shiny是一个R语言包。既然如此，如果你打算学习Shiny，那么你需要一定的R语言基础，能用R语言

Shiny零零碎碎的设置还很多，不逐一讲解了。做为本系列的收尾部分，本文只介绍几个较为常用的设置，其他内容以后看情况再补充。1 条件显示面板：conditionalPanel它的源代码很简单：## NOT RUNconditionalPanel function(condition, ...) { div('data-display-if'=condit