circos使用记录@win7

最新推荐文章于 2021-06-23 22:22:02 发布

中年英雄王叔叔

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文章标签： circos-第一次

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/u014277388/article/details/52132621

版权

为什么用circos

本来是想要做出来这种效果的图，然后在一个r语言群里面问到用这个可以做出来
这里写图片描述

安装挺麻烦

安装安了很长时间，大概加调试有三个小时，反正具体怎么安装我就不说了，推荐博文：
http://blog.youkuaiyun.com/jishucai/article/details/45476511
http://nodex.iteye.com/blog/2106479
我是按照这两篇来安装的，先安装了activeperl5.16.2，就是直接百度的第一个链接：http://rj.baidu.com/soft/detail/14792.html?ald
然后安装好之后进入命令行模式：

perl -v

然后应该是下面的样子，win10有点问题，我在win7上装的
这里写图片描述
需要安装的模块：

Config::General (v2.50 or later)

Font::TTF

GD

List::MoreUtils

Math::Bezier

Math::Round

Math::VecStat

Params::Validate

Readonly

Regexp::Common

Set::IntSpan (v1.16 or later)

Text::Format

安装方法：直接在windows命令行下输入 cpan，会进入 cpan> 模式，
输入 h 查看帮助信息和可用命令，输入 install Config::General 则可以安装 Config::General模块。（一个个耐心得装完）

使用

1.首先学习网站肯定是官网啦，不多总共9节课，然后可以下载circos-tutorials-0.66.tgzcircos，里面有相应的原始数据，还有扩展的例子。
2.然后因为是命令行使用，所以要学会如何使用命令行DOS：
运行——cmd进入页面
直接输入盘符如D：进入d盘
然后cd bioviz\circos进入circos的根目录，一定要是根目录
然后perl后面几个参数：
.\bin\circos，必须要有，代表你打开circos这个模块程序，
-conf .\example\etc\circos.conf代表你要打开的文件，这个是自带例子的文件
-outputdir output代表你要输出的文件夹名字，这个是名为output文件夹，事先要先新建好
-outputfile wangshushu.png输出图片的名字
连起来就是：

perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf -outputdir output -outputfile wangshushu.png

经过50余秒的结果：
这里写图片描述
图片：
右面为SVG的矢量图片

其余使用心得

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