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RSS订阅原创 perl的package中“Subroutine new redefined”问题
当我调用“Add_mismatch.pm”的时候， 由于我写的是“package Map_PMDB”， 程序认为我调用的仍然是Map_PMDB，而Add_mismatch.pm中也存在new，generate_shell，get_all_shell等方法。这样做的后果就是， 调用 Map_PMDB.pm的时候， 存在new，generate_shell，get_all_shell等方法。这就导致程序认为我将new，generate_shell，get_all_shell等方法做了"redefine"操作。
2025-03-13 11:22:39
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原创 pandas 的一个奇怪设定
将bb.D 转换成list之后，又变成True了。但对于bb.columns来说，这样做没有问题。那么 bb.columns是什么性质的对象呢？然后是见证奇迹的时刻。
2025-01-25 16:59:29
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原创 perl包安装的CPAN大坑
如果是直接用wget 下载，那当然可以直接添加 “--no-check-certificate”，但我用的不是wget命令，而是cpan命令？先看一个用cpan安装的例子。cpan调用了wget来下载，
2025-01-03 16:50:08
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原创 python的reload
也就是说，reload的东西必须是一个module，也就是模块文件，而不是一个类，或者一个方法/函数。该文件（模块）中包含了一个parse_tumor_report类。parse_report 是我自定义的一个模块文件。先看看 from ...import ...的问题。再看reload的问题。
2025-01-02 14:57:38
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原创 pd.Series踩坑之index
pd.Series 在做 &、|, ^,等运算的时候， index一定要一致，否则会出错。很明显，后一种才是想要的结果，而前一种是错误的。调整一下aa和bb的index。
2024-12-04 10:34:47
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1原创 python函数的传参
这里的kargs是一个字典，但传入的参数是 '**kargs', 而非 'kargs'.因为此时传入的cc会被当成一个position argument。定义一个接受关键字参数的函数。那么怎么传这个字典呢？
2023-08-11 00:51:02
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原创 samtools flags 查看flags
samtools flags 1294$samtools flags 12940x50e 1294 PROPER_PAIR,UNMAP,MUNMAP,SECONDARY,DUP$samtools flags 2560x100 256 SECONDARY$samtools flags MUNMAP0x8 8 MUNMAP$samtools flags UNMAP0x4 4 UNMAP$samtools fl
2022-05-26 15:32:27
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原创 pandas的DataFrame的一个问题
尽量不要用以下方式更新一个DataFrame：df.loc[idx] = Lst如果要更新df, 我宁愿将新的列用list先存起来，然后用pd.concat()一次性更新，尽量不要用df.loc[idx]这种方式，否则会非常慢。
2022-04-11 01:47:19
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原创 安装htslib
msisensor-pro: error while loading shared libraries: libhts.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory在测试msisensor-pro时候，发现libhts.so.3找不到。判断libhts.so.3应该属于htslib库。于是安装一个。https://leoatchina.github.io/2017/08/26/install_samtool
2022-02-12 20:31:28
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原创 conda env
$conda info --envs# conda environments:#base * /home/wubin/miniconda3DECoN /home/wubin/miniconda3/envs/DECoNSnakeMakeEnv /home/wubin/miniconda3/envs/SnakeMakeEnvcnvkit /home/wubin/mi.
2022-02-08 12:26:46
499
原创 perl里面变量的defined与TRUE
#!/usr/bin/perl -wuse strict;my ($a,$b,$c,$d) = (1,2,"");if($c){print "\$c is true\n";}if(defined $c){print "\$c is defined\n";}if($d){print "\$d is true\n";}if(defined $d){print "\$d is defined\n";}
2022-01-10 19:00:45
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原创 python 遍历某个目录
这个会不断刨根问底for root, dirs, files in os.walk(in_dir): #这个会刨根问底 for file in files: file_path = root + '/' + file print(file_path)这个不会刨根问底：for i in os.listdir(in_dir): file_path = in_dir + '/' + i print(file_path)...
2021-12-23 20:55:07
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原创 pandas处理合并单元格
# https://blog.youkuaiyun.com/weixin_36360005/article/details/112208014 pandas处理合并单元格
2021-12-23 01:26:20
5900
原创 pandas DataFrame的分类汇总
df = pd.DataFrame({'A' : ['foo', 'bar', 'foo', 'bar','foo', 'bar', 'foo', 'foo'], 'B' : ['one', 'one', 'two', 'three', 'two', 'two', 'one', 'three'], 'C' : np.random.randn(8), 'D' : np.random....
2021-12-15 15:52:23
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原创 numpy存储数据
np.save('Stat.npy',data_frame_all) np.save('columns.npy', data_frame_all.columns) ndarray = np.load('Stat.npy', allow_pickle=True) columns = np.load('columns.npy',allow_pickle=True) # print(type(columns)) # print(ndarray.ndim) ...
2021-12-15 11:55:50
1063
原创 pandas写入excel
from openpyxl.writer.excel import ExcelWriterwriter = pd.ExcelWriter(outfile) # 生成一个句柄对象sample_stat_no_correct.to_excel(writer,sheet_name='未修正样品数',index=False,freeze_panes=(1,2))sample_stat_correct.to_excel(writer,sheet_name='修正后样品数',index=False,f...
2021-12-15 11:43:25
746
原创 pandas的一个诡异之处（SettingWithCopyWarning）
原代码：def change_to_date_format_backup(data_frame, head): for idx in data_frame.index: value = data_frame.loc[idx, head] if pd.isnull(value): # NaT 也会是datetime.datetime pass elif value == '-': # 这种待修改 .
2021-12-14 02:44:28
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空空如也
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