小木的博客

最新更新视频：计算化学-6.5节 氢原子计算化学-6.6节 氢原子波函数观看地址：（包括全部1.1~6.6节内容）：https://www.bilibili.com/video/BV13P4y1P78k?share_source=copy_web同时欢迎关注我的B站新家：“盛京之魂”https://space.bilibili.com/7841254我的优快云博客：https://blog.youkuaiyun.com/u013631121距离上次录制视频已

因为trr不可读，所以需要转换成坐标文件进行读取。准备好结果文件中的trr和gro文件，然后运行以下代码：gmx trjconv -f xxx.trr -s xxx.gro -o out.gro-f和-s中的参数为我们结果文件中的trr和gro文件；-o后面的是输出的可读文件。导出后的文件可以用记事本读写，如果文件过大，用下面JAVA代码读取：public class readGromacs { public static void main(String[] args) thro

计算化学-第六章-氢原子6.1 中心力https://v.qq.com/x/page/g31501593ii.html6.2 不相互作用的粒子与分离变量法https://v.qq.com/x/page/x3150cwpokq.html6.3 相互作用的两个粒子https://v.qq.com/x/page/l3150q6lkwu.html6.4 两粒子刚性转子https://v.qq.com/x/page/z3150exu8a2.html——————————————.

计算化学第五章-角动量本次有3节课程，分别为：5.1-运算符的一些定理：https://v.qq.com/x/page/i31475tbom1.html5.2 矢量：https://v.qq.com/x/page/a3147tl0v2x.html5.3 角动量5.3.1 经典力学，量子力学单粒子轨道角动量运算符：https://v.qq.com/x/page/h3147mtd9n5.html5.3.2 单粒子轨道角动量特征向量与特征值：https://v.qq.com

如果直接把gromacs的结果导入vmd，那么空空如也，我们需要点击如下按钮：接着输入：molload gro nvt.gro trr nvt.trr其中nvt.gro以及nvt.trr文件需要换成你们自己跑的结果文件。然后我们就会看到读取成功啦。...

大家如果在github上面下载ACPYPE （https://github.com/t-/acpype），放入到LINUX上面安装后，百分百报错，出现的问题如下：[root@pdynamo test]# ../acpype.py -i FFF.pdb========================================================================...

本人在做课题时候遇到一个问题，对于分子动力学（MD）把文件转换成gromacs可用文件时：我们用某些软件生成PDF文件，但如果超过10000个原子，那么生成的PDF文件关于键连接的时候，会连结在一起我们想要通过MKTOP文件转换PDB为TOP，从而通过gromacs跑程序，我们必须的做一些修改。否则直接报错为You said we could use PDB Conect info...

在大家读化学教材时候，好多人看到点群的不可约表示这块之后，就直接懵B了，根本看不懂。之后就有好多人直接放弃学习了。有人直接和我讲，点群的不可约表示直接到化学之家（https://zh.webqc.org/）查多好？用得着你自己判断吗？听到说这话的人，我十分地火大！（别人吃过饭了，你就不吃了？）本人认为，做纯理论研究要“直线走路”，绝对不能搞什么“弯道超车”。在我看来弯道超车就是弯！道！翻！车！...

近期有很多同学问我理论科学如何入门，还有N多的人让我教他们。我听了这句话有些茫然，也不知道怎么回答怎么教。因为对于做理论科学，也就是做“软课题”，属于发散型课题，并不是能速成的。为了满足大家，教大家入门软课题的方法——直线走路，那么我在这里写一个方法论，希望大家喜欢。先来说说实验科学，也就是我国大多数人在读书期间所做的“硬课题”。鄙人也在博士研究生时候学习过实验科学，并做过些许的实验，对于实验...

第四章-一维谐振子本次有3节课程，分别为：4.1 一维谐振子https://v.qq.com/x/page/a0902106f9h.html?ptag=qqbrowser4.2 原子的振动https://v.qq.com/x/page/i090281hj64.html?ptag=qqbrowser4.3 数值求解薛定谔方程https://v.qq.com/x/page/...

第三章-运算符与特征方程本次有7节课程，分别为：1.运算符与特征方程（Operator and Eigenfunction）https://v.qq.com/x/page/o0876v78gr5.html?ptag=qqbrowser2.运算符与量子力学https://v.qq.com/x/page/s0876fbmvg5.html?ptag=qqbrowser3.三维多粒...

计算化学第一章-薛定谔方程本次有6节课程，分别为：1.计算化学介绍https://v.qq.com/x/page/c0871qwb1cw.html2.量子力学历史https://v.qq.com/x/page/m0871j8znh1.html3.测不准原则https://v.qq.com/x/page/j0871uusszv.html4.以时间为变量的薛定谔方程...

本次有4节课程：1.在箱子（一维）中的粒子https://v.qq.com/x/page/m0873f9v0ll.html2.矩形井https://v.qq.com/x/page/b0873spcxlt.html3.自由粒子https://v.qq.com/x/page/d0873fal1l5.html4.隧道https://v.qq.com/x/page/g087...