
医学图像分割
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CV小白,爱喝百事可乐。。。
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nnUnet运行
一、数据预处理plan_and_preprocess nnUNet_plan_preprocess.pypython nnUNet_plan_and_preprocess -t NUM --verify_dataset_integrity二、模型训练run/run_training.pypython run_training.py 3d_lowres nnUNetTrainer Task029_Liver 3 --verify_dataset_integrity...原创 2021-03-23 14:53:18 · 717 阅读 · 0 评论 -
nnUnet 网络博客汇总---方便大家学习
(一:2020.07.06)nnUNet论文主体解析(8.02更新认识)(二:2020.07.08)nnUNet方法解析(7.31更新认识)(三:2020.07.10)nnUNet附录解析(7.31更新认识)(四:2020.07.28)nnUNet最舒服的训练教程(让我的奶奶也会用nnUNet(上))(11.05更新)(五:2020.07.31)nnUNet最简单的推理教程(让我的奶奶也会用nnUNet(下))(十七:2020.09.10)nnUNet最全问题收录(9.10更新)(三十八:20.原创 2021-03-18 10:06:08 · 2255 阅读 · 0 评论 -
胰腺分割论文
titleyearslinksbased modelcodeTernaryNet: Faster Deep Model Inference without GPUs for Medical 3D Segmentationusing Sparse and Binary Convolutions2018arXivDCNNgithub原创 2020-08-28 09:20:54 · 2126 阅读 · 2 评论 -
图像分割论文和博客资料汇总
一、相关论文二、相关博客1、Computer Vision Tutorial: A Step-by-Step Introduction to Image Segmentation Techniques (Part 1)原创 2020-04-16 22:27:48 · 276 阅读 · 0 评论 -
研究课题----肝脏分割科研过程目录
肝脏分割代码实验过程一、肝脏分割----实验过程版本迭代肝脏分割论文写作过程一、肝脏分割—论文写作过程原创 2020-04-16 20:56:53 · 638 阅读 · 0 评论 -
医学图像肝脏分割(四)---- 不平衡处理
1、不平衡处理(1)How to use a cost matrix in focal loss on tensorflow 2?(2)A PyTorch Implementation of Focal Loss.(3)pip install focal-loss (tensorflow 实现)原创 2020-08-26 14:59:14 · 676 阅读 · 0 评论 -
医学图像肝脏分割(二)----评价函数
一、评价函数及其实现1、使用DICE, IOU, ASD, 等。IOUdef IoU(preds, truths): """ preds: [B, H, W] truths: [B, H, W] """ batch_size = truths.shape[0] ious = [] for batch in range(batch_s...原创 2020-10-20 16:38:13 · 661 阅读 · 2 评论 -
医学图像肝脏分割(六)---将预测分割图和原图合在一起
这是一个非常有意思的功能,花了一天的时间,写了一个初步的代码。# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on Sat Mar 28 17:39:14 2020@author: xiaob"""import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfrom ipywidgets import interact, ...原创 2020-04-05 09:48:15 · 1010 阅读 · 0 评论 -
医学图像肝脏分割(一)---预处理
预处理是肝脏分割重要的一步,良好的预处理过程可以有效的提高分割的准确度。此博文主要记录肝脏分割过程中常见的预处理方法及相关代码。一、二、三、四、五、数据增强1、用于医学图像分割的数据增强方法 —— 标准 imgaug 库的使用方法...原创 2020-04-21 19:57:18 · 3207 阅读 · 0 评论 -
3D Deeply Supervised Network for Automatic Liver Segmentation from CT Volumes
【参考】论文笔记:3D Deeply Supervised Network for Automatic Liver Segmentation from CT原创 2020-02-25 14:26:26 · 392 阅读 · 0 评论 -
H-DenseUNet: Hybrid Densely Connected UNet for Liver and Tumor Segmentation From CT Volumes
一、摘要二、重点摘录三、遇到的问题原创 2020-02-13 17:17:13 · 313 阅读 · 1 评论 -
Deep Learning Techniques for Medical Image Segmentation: Achievements and Challenges
前言:该篇文章较为全面但稍偏简单的介绍医学图像分割的常见数据集、各种神经网络,以及常见的训练技巧等问题。一、重点摘录2.5D approaches are inspired by the fact that 2.5D has the richer spatial information of neighboing pixels wiht less computational costs t...原创 2020-02-12 15:42:33 · 698 阅读 · 0 评论