海骆驼的沙漠

Trinity, represents a novel method for the efficient and robust de novo reconstruction of transcriptomes from RNA-seq data. Trinity combines three independent software modules: Inchworm, Chrysalis, an

1. DISCOVAR简介DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果，对基因组进行 Variants calling 的同时，进行基因组的组装。特别是近期公布的 DISCOVAR de novo (experimental) 还能进行基因组的 De novo 组装。2. DISCOVAR的下载和安

Manual Reference Pages  - samtools (1)NAMEsamtools - Utilities for the Sequence Alignment/Map (SAM) formatbcftools - Utilities for the Binary Call Format (BCF) and VCFCONTENTS

1.NR注释作图 /home/xwm/basic/RNA_seq.NR.sh

向大家推荐一个文献管理工具，paperbox，这款软件有很多自己的特点，个人认为最有用的就是它的文献侦测功能，可以根据用户提供的关键词侦测最新发表的文章。软件下载地址：http://www.paper-box.co/?ref=haishenruo

ManualBeginning users should take a look at the Getting started guide for a tutorial on running TopHat-Fusion.How to use fusion mappingAfter running tophat, you can run tophat-fusi

1.序列比对软件： http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_software2.测序质量评估： http://seq.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=1806

有趣的是，大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因（BGI， Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Science）是中国NGS测序技术的摇篮。速度上较有优势的short read（短序）比对工具最早出现的是SOAP（表1）。它很好地解决了一个问题，那就是如何在小内存（4G）的机器上将短序比对至人类

samtools使用方法名称: samtools Sequence Alignment/Map (SAM)格式的应用程序语法:samtools view ‐bt ref_list.txt ‐o aln.bam aln.sam.gzsamtools sort aln.bam aln.sortedsamtools index aln.

Manual Reference Pages  - samtools (1)NAMEsamtools - Utilities for the Sequence Alignment/Map (SAM) formatbcftools - Utilities for the Binary Call Format (BCF) and VCFCONTENTS

Running TrinityTrinity is run via the script: Trinity.pl found in the base installation directory.Usage info is as follows:#########################################################

OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/)主要用来找直系同源基因以及旁系同源基因。它主要在比较完整的基因组之间找直系同源基因。OrthoMCL的使用主要13步，可以参考doc/OrthoMCLEngine/Main/UserGuide.txt。为了方便运行OrthoMCL，可以建立一个工作目录“my_orthomcl_dir”。1>配置OrthoMCL程序