同源基因查找软件OrthoMCL的使用

OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/)主要用来找直系同源基因以及旁系同源基因。它主要在比较完整的基因组之间找直系同源基因。OrthoMCL的使用主要13步，可以参考doc/OrthoMCLEngine/Main/UserGuide.txt。为了方便运行OrthoMCL，可以建立一个工作目录“my_orthomcl_dir”。

1>配置OrthoMCL程序

将orthomcl.config.template拷贝到你工作目录下(my_orthomcl_dir)。然后根据所建的mysql数据库名，用户名，密码。修改该文件。例子如下：

主要有两个阈值参数：

percentMatchCutoff:

blastsimilarities with percent match less than this value are ignored.

evalueExponentCutoff:

blastsimilarities with evalue Exponents greather than this value are ignored.

2> 利用orthomclInstallSchema命令对Oracle或者Mysql数据库进行配置

Usage:

orthomclInstallSchema config_file sql_log_file table_suffix

比如在my_orthomcl_dir目录下运行:

../orthomclSoftware-v2.0.9/bin/orthomclInstallSchemaorthomcl.config.template orthomcl.config.log。

3> 利用orthomclAdjustFasta命令把输入文件转换为orthomcl所需的文件格式