基因组序列特征提取

最新推荐文章于 2024-06-04 14:53:20 发布

yonghaha

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分类专栏：编程实现文章标签： java 数据

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/u013209029/article/details/46603153

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该程序使用Java读取DNA碱基对信息，通过遍历文本文件中的每一对碱基，计算出现的频次，如AA、AT等，将结果输出到指定文件，为基因组特征提取提供数据。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

在给定的DNA碱基对信息中提取特征值

代码如下：

package artificial_intelligence;
import Ynu.Sei.cpLibrary.BASIC.*;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileReader;
import java.io.InputStream;
import java.io.InputStreamReader;
public class DNAreader {
String encoding="utf-8";

public void readtxt(String directory){
int AA=0,AT=0,AC=0,AG=0,TT=0,TA=0,TC=0,TG=0,CC=0,CA=0,CT=0,CG=0,GG=0,GA=0,GT=0,GC=0;
String last="";
try{
File dna=new File(directory);
if(dna.isFile()&&dna.exists()){
InputStreamReader in=new InputStreamReader(new FileInputStream(directory),encoding);
BufferedReader buff=new BufferedReader(new FileReader(directory));
String line; String [] temp;String [] window=new String[2];

while((line=buff.readLine())!=null){

temp=line.split("");
if(last.equals("")){

for(int i=0;i+1<temp.length;i++){
window[0]=temp[i];
window[1]=temp[i+1];
switch(window[0]+window[1])
{ case "AA":{AA++;break;}