AI4S - AlphaFlow: AlphaFold Meets Flow Matching for Generating Protein Ensembles 工程配置 (2)

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AlphaFlow 是基于流的生成模型方法，用于学习和采样蛋白质的构象景观。这项工作，使用类似 AlphaFold 和 ESMFold 这样的高精度单态预测器，并且，在自定义的流匹配框架下，进行微调，以获得称为A lphaFlow 和 ESMFlow 的序列条件生成模型。在 PDB 上进行训练和评估，与 AlphaFold 结合 MSA 子采样相比，AlphaFlow 在精确度和多样性上，提供了更优的组合。当进一步，在全原子MD的集合上训练时，该方法准确地捕获了未见蛋白质的构象灵活性、位置分布和更高阶的集合可观测量。此外，该方法可以使静态的 PDB 结构多样化，并且，在平衡属性上，比复制 MD 轨迹更快地收敛，展示其作为昂贵物理基础模