飘羽的博客

1、首先需要安装Cufflinks软件：执行命令： gffread **.gff -T -o **.gtf   例如：gffread test.gff -T -o test.gtf安装Cufflinks的步骤：1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。    $ tar jxvf boost_1_53_0....

创建对应文件的过程：Creating a Chromosome Name Alias FileOne of the common causes for a data loading failure is a mismatch in chromosome names between the data file and the IGV genome it is being viewed against...

1.首先使用BWA进行reads比对，结果会产生sam文件。2.对结果文件进行可视化的时候必须要注意，IGV并不是支持所有的文件格式，所以要通过samtool进行格式转换。3.所以比对后的sam文件不能够进行直接可视化，首先通过samtool软件进行格式转化为bam文件， samtools view -h file.bam > file.sam samtools view -b

GO富集分析对老师们来说想必都不陌生，几乎在任何项目中都会出现。今天就给大家介绍一款简单易学又好用的富集分析小软件---BiNGO。它是Cytoscape软件中很出色的一个插件。它提供的结果中除了文本格式的富集分析结果外，还会将结果以网络图的形式展现，非常美观。第一， 安装BiNGO插件。打开Cytoscape软件，点击选项栏“Apps”-“AppManager”，选择“BinGO”，点击...