PyMol - script

从大二开始接触PyMol至今已有4年了，之前只会用PyMol展示PDB文件。记得有一回需要找蛋白质所有催化残基3.6埃以内的活性位点。想到PyMol打开PDB文件时肯定已经完成了解析，就想写一个脚本拿到感兴趣的位点然后遍历所有原子坐标找到3.6埃以内的残疾。由于对PyMol不是很熟悉，这个想法在脑海中闪现之后就夭折了。后来我写了个C++程序，从PDB文件开始解析，真是废了九牛二虎之力，现在想想，当时真是太simple，还是要学习啊。

Pymol调用用户脚本

今天学习了一下PyMol调用脚本的过程，于是有了这篇博客。
PyMol是用Python实现的开源软件。用户可以用Python写一个自定义函数（没试过类，以后有需要再试试），关键是如何让让自己写的函数嵌入到PyMol。
主要过程如下（流程图）：