Dorado 学习笔记一

记Dorado7学习(4) 参考pdf《Dorado7.x 基础教程-实战-企业通讯录(初-中级)离线文档 2014-11》,教学视屏在http://pan.baidu.com/s/1kT7g9Or 阅读详情

Dorado学习要从其官网提供的资料开始。其教程详细一步一步俩既可达到初步的了解,但是资料并不完备而且并没有跟得上产品的更新,会有一部分坑。但是入门教程实例还是可以相信的。

入门教程企业通讯录():http://wiki.bsdn.org/pages/viewpage.action?pageId=43909142

Dorado组件api:http://dorado7.bsdn.org/jsdoc/

另外,Dorado做出来的界面风格与官网教程一样,再有,Dorado的服务器有点渣,经常无法进入,等等然后再刷新。

接下来讲的是在安装的过程中一些注意的点。

我使用的是无eclipse的完全安装。

环境:win7 32位系统,4g内存。

安装教程官网非常详细,我在这里稍微捋一捋:

  1. jdk1.7安装配置(Dorado7对于jdk的要求比较变态,jdk1.6不够新有的jar包没有,jdk1.8并不十分兼容,不能使用,会出现莫名其妙的问题。),配置就按着百度教程,多得很。最好是按着默认路径安装,这个Dorado比较龟毛,我就莫名其妙无法找到jdk,最后还是进入控制面板删干净再默认重装才可以的。另外,Dorado提示更新jdk,请无视他,更新了之后又有问题。
  2. 下载Dorado的压缩包,Dorado是基于eclipse的大插件(我只这么理解的),下载解压打开即可。
  3. 接下来安装jetty插件,这个插件有两种方式安装,在线和离线,但是在线花的时间很长而且极有可能失败。我推荐离线安装。在百度搜索jetty插件下载解压将解压得到的jetty-plugin文件放到dorado-7.4.0-win32\eclipse\dropins的dropins文件夹下面就可以了。
  4. 现在要打开Dorado的eclipse,打开后。进入Windows--->preferences看到runjettyrun就证明安装成功了。接着需要配置tomcat,在Windows--->preferences下的Java下的Installed JREs 将你的jdk的安装安装路径打开(我的jdk安装在c盘):
  5. service点开,add,打开dorado-7.4.0-win32文件夹下dorado-7.4.0-win32\apache-tomcat-7.0.20,新安装这里是空的,add上去。这里的jre默认也可以。
  6. 接着按着教程一步一步新建工程,尤其是这里的配置一定要仔细,配置一旦不成功,项目就会出错。

Dorado 在这两种情况下,这是通过使用 --primer-sequences 命令行选项完成的,后跟包含要搜索的引物序列的 FASTA 文件的完整路径和文件名。请注意,如果使用此选项,则不会搜索内置于 dorado 软件中的常规引物序列。但是,如果您打算稍后将去多重化作为单独的步骤进行,则建议在基序识别时使用 --no-trim 选项禁用适配器/引物修剪,以确保任何条形码序列在读取中保持完整。如果输入文件是已对齐/排序的,并且选择了 --no-trim,则每个输出特定条形码的 BAM 文件也将被排序和索引。 阅读详情

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http://dorado7.bsdn.org//jsdoc/ apihttp://wiki.bsdn.org/display/dorado7/Project+Home;jsessionid=D607AF61F8DC6522516CB048DBBC89C9dorado7官网学习网站 转载于:https://blog.51cto.com/lorancer/13387...

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薄生
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