wangprince2017

序列联配

序列比对软件/比对工具的比较要做序列比对，看文献与一大堆的方法，看得头晕眼花，我是谁我在哪，我在干什么？？？（附带问号脸），哈哈哈哈，做比对分析的小伙伴估计都深有同感吧。。。。。目前我用到的序列比对软件分别是：Bowtie2、SOAP2、Hisat2。今天在跟同名讨论的时候，被Q到其他的比对软件，索性就去查了一下，大家一起学习交流，有需要的话后边会写详细版。直接上表格截图啦：空出来的还没核查清楚，暂时不填了，后续更新。。。。参考：DOI:10.3969/j.issn.1.

这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结。在做系统演化分析、序列功能分析、基因预测等，都需要涉及到多重序列比对。特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时，会遇到各种的格式，而这些格式是如何产生的，有什么区别，格式之间如何转换，从哪里可以下载到相关的格式序列，不同的格式又有什么特殊的用途等，本篇文章将就这些问题进行总结与讨论。因为涉及内容较多，不足之处，欢迎大家补充或者批判。生物信息学的基础是基于这样的一个假设：序列相似，结构相似，功能

经过原始数据的质量评估，去除低质量、含N、含接头等reads的步骤后，我们得到了clean data，然后我们就需要进行序列比对了。序列比对的目的是：定位，也就是确认每条reads是否在基因组/转录组上以及找到它的位置。同时依据结果进行相关的质控，来判断实验是否有问题、样本是否存在污染、数据量是否足够、reads的位置是否有偏好性等。在转录组分析中，可能会进行两次比对，一次是将reads比对到基因组上，一次是将reads比对到转录本/基因上。其中比对到转录本/基因上是必须的，比对到基因组上...

【生信】第二章 序列比对——Needleman-Wunsch全局比对主要为基因组测序比对相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。最后修改时间：2020-04-03 07:53:55 星期五Needleman-Wunsch全局比对一、符号约定 符号 说明 xandy 两个序列 M\left( {i,j} \right) 在{x_i}比对到{y_i}情况下，序列x和y目前

相似性(Similarity)​ 是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同或相似碱基或氨基酸残基占全部比对碱基或氨基酸残基的比例的高低，属于量的判断。同源性(Homology) 是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。只有当两个蛋白质在进化关系上具有共同的祖先时，才可称它们为同源的，属于质的判断。相似性和同源性的关系​ 当相似程度高于50%时，比较容易推测检测序列...

软件类型 软件名称 基因组组装相关软件 abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、 Jabba、LoRDEC、MECAT、Proovread、 PBSuite、pilon、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet等 基因组分析相关 ...

BWA MEM算法现在BWA大家基本上只用其mem算法了，无论是二代还是三代比对到参考基因组上，BWA应用得最多的就是在重测序方面。Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM-arXiv:1303.3997v2摘要BWA-MEM is a new alignment alg...

A Comprehensive Analysis of Sequence Alignment Algorithms for LongRead Sequencing 长Read序列比对算法的综合分析As the length of sequencing read increasing, greater bioinformation is demanded from long read ali...

Minimap2是知名比对工具BWA的开发者Li Heng新开发的比对工具，它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上，使用场景有下面几种：将PacBio或OXford Nanopore的read和已有参考基因组（如人类）进行比对 寻找高错误率read(15%)之间的overlap 将PacBio Iso-Seq 或Nanopore cDNA或RNA序列比对到参考基因组 将i...

BWA下载与安装$ wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2 $ tar xvfj bwa-0.7.17.tar.bz2 $ cd bwa-0.7.17$ make$./bwaBWA简单比对# 建立索引# 建立索引可以通过子命令调用两种算法# -is IS...

Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform快速和准确的短读对准Burrows-Wheeler变换本文主要将生物信息中，BWA的算法设计。1. BWT变换假设 T=RUOSHUI在 T后面加入比T任意字符都小的字符$, X = RUOSHUI$字符串X循环移位后得到的字符串集合组合成一个N...

Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transformBWT（Burrows–Wheeler transform）1. 按照字典排序2. 例子，X=googol$S(i)，即按照字典排序后的序号i的suffix，所对应的一开始的序号。B[i]，即按照字典排序后的序号i的suffix，的最后一...

RNA-Seq基因组比对工具HISAT2原文网址：http://blog.biochen.com/archives/337HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.jhu.edu/software/hisat...

RNA-seq分析htseq-count的使用HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐，其提供了许多...

.目前，Velvet，ABySS，SOAPdenovo，VCAKE，SPAdes等[4-6]多种与二代测序技术相匹配的de novo组装工具应运而生，而如何在众多组装工具中，根据序列属性和具体要求来选择与分析组装工具的实用性，对组装最佳结果及后续信息分析尤为重要....

简介Velvet是处理从头测序（de novo）基因组组装及短读长序列比对的一个算法包。 这是使用德布鲁因图通过消调试误和化简重复区域而来进行基因组序列组装。Geneious、MacVector、BioNumerics等商业软件包的内部也实现了Velvet。目前用于新一代的测序的主要仪器有：Illumina/Solexa的Genome Analyzer ABI的Solid Ro...

短序比对工具简介bowtie vs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign2013-07-08~ADMIN有趣的是，大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因（BGI， Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Science）是中国NGS测序技术的摇篮。速度上较有...

现在主流的比对软件不下十种，但按照核心算法区分，其实可以拆分成为两大阵营：1.基于哈希表（hash-table）数据结构的比对算法2.Burrows Wheeler transform（BWT）索引数据结构的比对算法首先，我们来了解一下第一类比对算法hash-table的核心思想就是采用种子序列定位及延伸算法（seed-and-extend algorithm）根据索引构建对象...

MuscleMUSCLE是RC Edgar开发的序列多重比对（Multiple Sequence Alignment，MSA）工具下载和相关说明地址为http://www.drive5.com/muscle/manual/1、比对并保存比对结果为Fasta格式文件muscle -in seqs.fa -out seqs.afa对于大数据集可以使用...

概念：　　如果两个序列享有一个共同的进化上的祖先,则这两个序列是同源的(homologous)　　直系同源:若一一个基因原先存在于某个物种,而而该物种分化为了两个物种,两个物种中的相同的基因功能未变化;　　旁系同源的序列因基因复制(gene duplication)而被区分开(separated):若生生物体中的某个基因被复制了,功能改变了,那么两个副本序列就是旁系同源的。因此,旁系同...