破晓

http://10.0.98.24/cgi-bin/gb2/gbrowse_img/c_elegans?name=ctgB:3,014..6,130通过类似于这样的URL可以获取基因浏览器自动生成的图片，显示在IE浏览器上name=ctgB:3,014..6,130这个是基因的名称和基因的start,end；通过这些可以获取用户想要观察的基因段 Name：spe cify th

上述图中，红色箭头所指的是bigwig文件，缩写是bw文件.【bigwig文件可以通过bedGraph文件转化得到】基因浏览器有两种方式来解析数据构成bigwig trace直接读取bigwig类型的文件通过perl脚本解析bedGraph类型的文件在jbrowse下执行   【bin/wig-to-json.pl --wig  data_files/巩膜-4周-差异甲基化.bed

使用gff3格式的数据，通过jbrowse自带的perl脚本进行转化，具体命令实例如下所示：bin/flatfile-to-json.pl --gff data_files/小鼠.GRCm38.78.gff --trackType CanvasFeatures --out sample_data/json/Guinea_pigs --trackLabel Guinea_pigs   

下面是要配置如上箭头所指的物种选择项的方法：in jbrowse.conf[datasets/volvox]url = ?data=sample_data/json/volvoxname = Volvox Example[datasets/modencode]url = ?data=sample_data/json/modencodename = MODEnc

如图所示：红色箭头所指的刻度尺刻度范围，会随着视野范围的改变而不断的变化。实现方法：箭头所指的属性“autoscale”，当值为local的时候，会出现以上效果。配置所在的文件位置:子数据项里面的trackList.conf文件

首先，需要把要显示的序列配置进物种文件夹当中的trackList.json配置文件。然后，将路径配置进入左边菜单栏中。箭头（1）所指的位置，内容分要和trackList.conf中的track name一致箭头（2）所指的位置上的配置内容是wiggle track的对应数据文件【big wiggle类型】箭头（3）所指的位置的配置内容是菜单当中的分类，如图：

需要将配置信息配置在tracks.conf文件当中。具体配置用例：[ tracks . Sclera-2days-fellow ]style.height = 7key = BAM - Sclera-2days-fellow.bamstoreClass = JBrowse/Store/SeqFeature/BAMurlTemplate = data/Sclera-2days-fel