生物网络角度分析关键基因

一、相关概念

1、差异表达基因，是两个group之间有统计学差异的gene，以芯片为例的话，几万个探针里可能差异的就1000个左右（当然根据设定阈值差异很大）

2、hub基因，和网络中的hub节点一样，是degree高的gene，在基因表达网络中有高的连接度degree，不涉及betweeness等。并且hub基因的筛选有很大的人为因素，到底是取前5%还是10%没有具体要求，一般建议5%。也就是说这是一个很宽松的设定。

3、关键基因，有人从hub里挑靠前的，有人从差异表达基因里挑p值大的。到怎么才算关键基因？笼统来说，假如你这个基因被敲减，表型显著消失，那肯定是关键基因。但仅从生物信息分析角度怎么挑？不可能有一种方法就可以直接解决这个问题，现在只从表达网络的角度，其范围要比hub小。hub不一定关键，关键不一定hub。

二、分析

借鉴一篇文章，描述的很全，下面附上网站
https://www.jianshu.com/p/e2acfee2ba5f

http://www.medsci.cn/article/show_article.asp?id=0cff10e34825

 

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0169605