教程NTsys主成分分析(PCA)过程

聚类分析软件 NTSYS是一个聚类分析的软件,可以用来分析RFLP,RAPD等电泳带型,也可用于微生物群落多样性的相似性分析。下面简单介绍一下其用法: 1.先建立一个0,1构成的矩阵:在excel中,按如下规则输入数据,A1=1表示有带记为1,B1=9表示RFLP有9个带型, C1=35表示样本数,D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示带型名称。2. 打开NTSYS-PC程序,点... 阅读详情
AI摘要

本文详细介绍了如何从提供的百度网盘链接下载软件包,然后将Excel表格数据优化处理,转换成软件可识别的格式。接着,数据被转化为NTS文件,通过ntedit.exe进行导入和导出操作。随后,使用ntsys.exe执行主成分分析(PCA)和Clustering,通过Compute确认执行成功。

1、软件包下载

软件包 下载地址
链接: https://pan.baidu.com/s/1mvmbGJbofLYcL3rrb0QuIw 提取码: 17an
在这里插入图片描述

2、把数据转成软件识别的格式文件

2.1 如果 excel表格数据格式,需要优化数据

在这里插入图片描述

2.2 选择性粘贴 - 倒置-去除空列、空行、顺序依次标号,结果如下图格式

在这里插入图片描述

2.3 新建 .xls 格式的表格

在这里插入图片描述

2.4 正确格式的文件

在这里插入图片描述

3、把excel文件转成NTS文件

3.1 步骤1 导入excel文件 数据

1.双击打开 ntedit.exe
2.点击File
3.点击 open file in grid…
在这里插入图片描述

3.1 步骤2 导入NTS文件

1.双击打开 ntedit.exe
2.点击File
3.点击 Save file as…在这里插入图片描述

4、主成分分析(PCA)过程

4.1 双击打开 ntsys.exe

4.2 Simillarity 操作选项

在这里插入图片描述

4.3 Simillarity 执行

上图图选择好之后,点击Compute,出现以下证明执行成功,关闭即可

在这里插入图片描述

4.4 Clustering操作选项

在这里插入图片描述

4.5 Clustering执行

上图图选择好之后,点击Compute,出现以下证明执行成功,关闭即可

在这里插入图片描述

4.6 按顺序执行下图中的操作

在这里插入图片描述

4.7 上图图选择好之后,点击Compute,出现以下证明执行成功

在这里插入图片描述

【付费系列】手把手教你做分子标记相关课题|从引物设计到数据分析 遗传标记(Genetic marker)是研究遗传多样性的有效手段,在遗传学研究 中,遗传标记主要应用于连锁分析、基因定位、遗传连锁图谱的构建、 种质资源鉴定与分类等研究中。通常将 DNA 分子标记技术分为基于 Southern 杂交为基础的分子标记技术(如 RFLP、染色体原位杂交等)、基于PCR 的分子标记标记技术(如 RAPD、SCAR、AFLP、SRAP、SSR、ISSR、InDel 等)和基于 DNA 序列和芯 片的分子标记技术(如基于叶绿体 DNA 的分子标记、SNP 等)三类。 阅读详情

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黄毛火烧雪下
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