微生物基因组研究之群体研究

最新推荐文章于 2025-04-01 10:30:39 发布
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分类专栏： 微生物组
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探讨生物研究的核心问题，包括基因组层面的进化关系、基因功能与变异信息。介绍微生物基因组分析流程，基因基本功能注释及常用数据库如Nr、SwissProt、COG、KEGG、GO和pfam。

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生物研究核心问题

  • 是什么？
  • 有什么功能？
  • 有什么特别？包括为什么适应这种环境，有什么差别等

基因组层面：

  • 进化关系，涉及到溯源与历史发展，说明进化历程
  • 基因功能，注释功能作用，比较理论，还需要其他组学进行验证
  • 变异信息，检测SNP，SV，下一步研究碱基进化速率等其他问题

微生物基因组分析流程

在这里插入图片描述

基因基本功能注释

常用数据库

  • Nr: 全面的非冗余蛋白功能数据库
  • SwissProt:经过验证的非冗余蛋白功能数据库
  • COG：根据细菌等基因组构建的同源基因数据库
  • KEGG：功能通路信息数据库
  • GO：包括细胞结构、分析功能和生物学过程三部分
  • pfam: 蛋白结构域数据库

基因组研究策略

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