8、空间效率改进的实验结果

空间效率改进的实验结果

1. 实验设计

为了评估对Structator这一RNA序列-结构模式搜索工具的空间效率改进措施，我们设计了一系列实验。实验旨在验证改进后的索引构建方法在处理大型数据库时的性能表现。具体实验设置如下：

• 数据库 ：使用Rfam数据库版本10.0，该数据库包含大约3.2百万个序列，大小为630 MiB。
• 索引模式 ：我们测试了四种不同的索引模式，分别是：
• bs ：仅包含 sufX 和 lcpX 的索引。
• ibs ：包含 sufX 、 lcpX 和 lcptree X 的索引。
• aflk+skp ：包含 sufX 、 lcpX 、 aflkX 和 skpX 的索引。
• aflk ：包含 sufX 、 lcpX 和 aflkX