8、空间效率改进的实验结果

于 2025-06-10 15:56:51 发布
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分类专栏： 实验算法：从理论到实践的桥梁 文章标签： Structator RNA序列-结构模式搜索 空间效率
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空间效率改进的实验结果

1. 实验设计

为了评估对Structator这一RNA序列-结构模式搜索工具的空间效率改进措施，我们设计了一系列实验。实验旨在验证改进后的索引构建方法在处理大型数据库时的性能表现。具体实验设置如下：

  • 数据库 ：使用Rfam数据库版本10.0，该数据库包含大约3.2百万个序列，大小为630 MiB。
  • 索引模式 ：我们测试了四种不同的索引模式，分别是：
  • bs ：仅包含 sufX 和 lcpX 的索引。
  • ibs ：包含 sufX 、 lcpX 和 lcptree X 的索引。
  • aflk+skp ：包含 sufX 、 lcpX 、 aflkX 和 skpX 的索引。
  • aflk ：包含 sufX 、 lcpX 和 aflkX 的索引。

这些索引模式的不同之处在于是否包含后缀链接数组 aflkX 以及辅助数组

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我们提出了一种简单而高效的无锚实例分割方法，称为CenterMask，它在无锚单阶段目标检测器（FCOS [33]）中添加了一个新颖的空间注意力引导掩码（SAG-Mask）分支，类似于Mask R-CNN [9]。在FCOS目标检测器中插入SAG-Mask分支，该分支使用空间注意力图在每个检测框上预测分割掩码，从而有助于关注有用的像素并抑制噪声。我们还提出了改进的骨干网络VoVNetV2，并采用了两种有效策略：（1）残差连接以缓解较大VoVNet [19]的优化问题；
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