genefilter包常用函数

最新推荐文章于 2024-07-17 02:20:32 发布
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分类专栏： R包常用函数 文章标签： R包 芯片数据处理
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genefilter

常用函数

1 findLargest

功能：只留下检验统计量最大的探针，舍弃其他重复探针。

返回值：包含探针名称的list。

findLargest(gN, testStat, data = "hgu133plus2")
参数 注释
gN 包含所有探针名称的list。
testStat 包含检验检测统计量的list，长度和gN一致。
data 芯片标识。

2 genefilter

功能：使用自定义的统计检验方法检验探针是否通过测试。

返回值：一个包含逻辑值的list，长度和探针数目一致。通过测试的返回TRUE，不通过的返回FALSE。

genefilter(expr, flist)
参数 注释
expr 表达矩阵。
flist 包含统计检验方法的list。

3 kOverA

功能:判断探针是否至少在K个样本中超过A。

返回值：逻辑值。通过检验为TRUE，不通过为FALSE。

kOverA(
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深入挖掘，筑基为先；知其然，知其所以然。
04-04 1996
求最大值算法是在一组数中找到最大值的过程。这听起来可能很无聊，但实际上这种算法应用广泛，如在机器学习和数据分析中。通过比较每个数字，最大值可以很容易地找到。然而，当我们将这个算法应用到现实世界的场景中，例如找到最高的山峰或最大的海洋生物时，就会变得更有趣 ！
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sva包和genefilter包。
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Enter the R function (metanr_packages) and then use the function. A printed message will appear informing you whether or not any R packages were installed. Function to download packages: metanr_packages <- function(){ metr_pkgs <- c("impute", "pcaMethods", "globaltest", "GlobalAncova", "Rgraphviz", "preprocessCore", "genefilter", "SSPA", "sva", "limma", "KEGGgraph", "siggenes","BiocParallel", "MSnbase", "multtest", "RBGL", "edgeR", "fgsea", "devtools", "crmn") list_installed <- installed.packages() new_pkgs <- subset(metr_pkgs, !(metr_pkgs %in% list_installed[, "Package"])) if(length(new_pkgs)!=0){if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(new_pkgs) print(c(new_pkgs, " packages added...")) } if((length(new_pkgs)<1)){ print("No new packages added...") } }
03-17
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python中findLargestNum
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