GEOquery包常用函数

GEOquery

常用函数

1 getGEO

功能：从GEO数据库下载数据。

返回值：GDS/GSE/GSM/GPL。取决于GEO参数。

getGEO(GEO = NULL, filename = NULL, destdir = tempdir(),
GSElimits = NULL, GSEMatrix = TRUE, AnnotGPL = FALSE, getGPL = TRUE,
parseCharacteristics = TRUE)

参数	注释
GEO	决定下载的数据种类。GDS,GSE,GSM,GPL
filename	如果已经下载好了文件，直接读取
destir	读取文件所在的位置，或是下载的位置。默认为工作目录。
GSEMatrix	若为TRUE，则下载Matrix文件；若为FALSE，则下载SOFT文件。默认为TRUE。
getGPL	若为TRUE，则下载GPL注释文件；若为FALSE，则不下载。默认为TRUE

2 getGEOSuppFiles

getGEOSuppFiles(GEO, makeDirectory = TRUE, baseDir = getwd())

功能：下载supplementary data。包含raw data。</