FIX cannot modify safebuffer in place

当使用Locomotive项目并尝试结合Rails 3.0.8与Haml时,可能会遇到cannot modify safe buffer in place的错误。本文详细介绍了如何通过调整Rails版本来解决这一问题。
事件: 使用locomotive项目时, Gemfile里引用了rails 3.0.8 和haml, 引发了"cannot modify safebuffer in place"错误.

原因: haml碰到不稳定的rails版本

解决方案:
1. 降低rails 版本到3.0.7
<think>我们正在讨论LAMMPS中的`fix_modify temp`命令。根据用户提供的引用[2]:“lammps 2个温度修正命令,使模拟结果更精确。重新计算温度后,可在thermo或者fix命令中使用新的命令,如用在nvt系综设置中:fix 1 flow nvt temp 300 300 0.1 fix_modify 1 temp myTemp”。 从这段引用中,我们可以理解`fix_modify temp`命令的作用是重新指定一个温度计算方式(即一个温度计算命令)给某个fix命令使用。具体来说,在LAMMPS中,温度计算通常由`compute`命令定义(例如,`compute myTemp all temp`),然后这个温度计算可以用于控温的fix命令(如`fix nvt`)或者输出(`thermo_style`)。`fix_modify temp`命令允许我们在已经定义好的一个fix命令(如`fix nvt`)中,更改其所使用的温度计算方式。 因此,`fix_modify temp`命令的作用是:**修改一个已经存在的fix命令所使用的温度计算(compute)**。这样做的目的是为了使用自定义的温度计算方式(例如,只计算某一部分原子的温度,或者去掉某些自由度等)来控制温度,从而使得模拟结果更精确。 例如,在引用[2]的例子中: fix 1 flow nvt temp 300 300 0.1 # 定义fix 1,使用默认的温度计算(所有原子的温度) fix_modify 1 temp myTemp # 将fix 1所使用的温度计算改为之前定义的compute myTemp 这样,fix 1(NVT控温)将使用compute myTemp计算出的温度来进行温度控制。 为什么需要这样做?因为有时候默认的温度计算可能不满足我们的需求。例如: - 我们可能想要排除某些原子的运动(如冻结的原子)对温度计算的影响。 - 在模拟流动(如Couette流动)时,我们可能希望只计算与流动方向垂直的动能分量,以避免流动速度对温度计算的影响。 因此,`fix_modify temp`命令提供了灵活性,允许我们自定义温度计算,从而更精确地控制模拟。 下面我们详细解释一下: 1. 首先,我们需要创建一个温度计算的compute,例如: compute myTemp all temp/partial x y z # 只计算x,y,z方向的动能(默认是计算所有方向) 2. 然后,我们创建一个使用温度控制的fix命令,比如: fix 1 all nvt temp 300 300 100 此时,fix 1默认使用系统默认的温度计算(即`thermo_temp`,通常是所有原子的总温度)。 3. 使用`fix_modify`命令将fix 1的温度计算改为我们自定义的compute: fix_modify 1 temp myTemp 4. 同时,如果我们希望热力学输出也使用这个自定义的温度,我们还可以设置: thermo_modify temp myTemp 注意:`fix_modify`命令必须在运行(run)之前使用,否则可能不会生效。 总结:`fix_modify temp`命令的作用是修改一个已经存在的fix命令(通常是控温fix)所使用的温度计算compute,使得我们可以使用自定义的温度计算方式,从而更精确地控制模拟。 下面是一个示例脚本片段: ```lammps # 定义自定义温度计算:只考虑y和z方向的动能(忽略x方向,例如在剪切流动中) compute myTemp all temp/partial 0 1 1 # 0表示忽略x方向,1表示计算y和z方向 # 定义NVT控温,初始使用默认温度(但后面会修改) fix 1 all nvt temp 300 300 100 # 修改fix 1,使其使用我们自定义的温度计算 fix_modify 1 temp myTemp # 也可以修改热力学输出,使用自定义温度 thermo_style custom step temp press thermo_modify temp myTemp # 运行 run 10000 ``` 在这个例子中,NVT控温将使用y和z方向的动能来计算温度,从而忽略x方向的运动(例如,如果x方向有整体流动,则不会被计入温度,这样温度计算更准确)。 因此,`fix_modify temp`命令是LAMMPS中用于精细控制模拟温度计算的重要工具。 相关问题: 1. 在LAMMPS中如何计算特定原子组的温度? 2. 如何理解LAMMPS中的compute命令? 3. 在NVT系综模拟中,如何排除流动对温度计算的影响?</think>### LAMMPS中`fix_modify temp`命令的作用详解 `fix_modify temp`命令在LAMMPS中用于**修改温度计算方式**,使特定fix命令使用自定义的温度计算而非系统默认值。这是精确控制模拟的关键技术,尤其在热导率计算等需要精细温度控制的场景中[^2]。 #### 核心作用 1. **重定向温度计算源** 将fix命令(如`fix nvt`)的温度计算源指向用户自定义的compute命令: ```lammps compute myTemp all temp/partial 0 1 1 # 自定义温度计算 fix 1 all nvt temp 300 300 0.1 # 初始使用默认温度 fix_modify 1 temp myTemp # 重定向到自定义温度 ``` *作用*:使NVT控温使用`myTemp`计算而非系统默认`thermo_temp`[^2]。 2. **实现部分自由度温度计算** 结合`compute temp/partial`排除特定方向的动能贡献: ```lammps compute layerTemp flow temp/partial 0 1 1 # 只计算Y,Z方向温度 fix_modify 1 temp layerTemp ``` *应用场景*:在剪切流动模拟中排除流动方向(X)的动能影响[^2]。 3. **定制原子组温度计算** 对特定原子组进行独立温度计算: ```lammps group hotRegion region cylinder compute hotTemp hotRegion temp fix_modify 2 temp hotTemp # 仅热源区域使用独立温度 ``` #### 典型应用场景 1. **热导率计算** 在NEMD方法中,为热源/冷源区域指定独立温度计算: ```lammps region hot zone 0 10 INF INF group hotAtoms region hot compute Thot hotAtoms temp fix hot hotAtoms langevin 350 350 0.1 12345 fix_modify hot temp Thot # 关键:使用区域专属温度 ``` 2. **非平衡模拟** 排除定向流动的动能贡献: ```lammps compute realTemp all temp/partial 1 1 0 # 忽略Z方向动能 fix_modify 3 temp realTemp # 用于剪切流动模拟 ``` 3. **多组分系统** 为不同组分设置独立控温: ```lammps compute tempH hydrogen temp compute tempO oxygen temp fix nvtH hydrogen nvt temp 300 300 0.1 fix nvtO oxygen nvt temp 300 300 0.1 fix_modify nvtH temp tempH fix_modify nvtO temp tempO ``` #### 使用注意事项 1. **执行顺序要求** 必须在fix命令**之后**,run命令**之前**调用: ```lammps fix 1 all nvt ... # 先定义fix fix_modify 1 temp ... # 再修改 run 10000 # 最后运行 ``` 2. **与thermo_modify的区别** | 命令 | 作用对象 | 影响范围 | |------|----------|----------| | `fix_modify temp` | 单个fix命令 | 仅该fix的控温行为 | | `thermo_modify temp` | 热力学输出 | 屏幕/文件输出值 | 3. **验证方法** 通过`thermo_style custom`检查实际使用的温度值: ```lammps thermo_style custom step temp c_myTemp ``` > **重要提示**:在石墨烯热导率计算中,此命令可解决热源/冷源区域因默认温度计算包含非热运动动能导致的温度波动问题[^2]。结合`compute temp/partial`能显著提高$\nabla T$的测量精度。
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