17、家庭设计中的关联分析应用

家庭设计中的关联分析应用

1. 引言

在家庭设计的关联分析中，有诸多问题需要解决，如处理二分或定量结果、应对父母基因型数据缺失时的计算，以及测试不同的遗传模型等。接下来将详细介绍相关的应用方法。

2. 使用 FBAT 获取 TDT

• TDT 基本原理 ：TDT 仅使用受影响的后代（Y = 1），并假设对多个后代的传递是独立的。在这种情况下，公式会大大简化，因为 T = (Y - μ) 对于所有的 i 和 j 是常数，并且会从检验统计量中消除，即 (Y - μ) 在检验的分子和分母中相消，所以偏移量 μ 无关紧要。如果数据集中有 Y = 0 或表型未知的其他后代，通过令 μ = 0，使得受影响的 T = 1，未受影响以及表型未知的 T = 0，就可以仅针对受影响的个体计算检验。当个体的 T = 0 时，此人对 U 和 var(U) 都无贡献。此时，U 可写为：
  [U = \sum (X - E(X|P))]
  假设标记与疾病易感位点（DSL）之间无连锁，则：
  [var(U) = \sum var(X|P)]
  其中求和是针对所有家庭中所有受影响的后代。
• 不同亲本基因型情况 ：
  • 当双亲均为纯合子时，(X - E(X|P)) 和 var(X|P) 都为零。
  • 若只有一个亲本是杂合子，(X - E(X|P)) = ± 1/2，取决于杂合子亲本传递的是哪个等位基因，且 var(X) = 1/4。
  • 若双亲均为杂合子，(X - E(X|P)) 为 0 或 ±