10、人类基因组中的连锁不平衡与基因定位研究

人类基因组中的连锁不平衡与基因定位研究

在基因研究领域，连锁不平衡（LD）、连锁以及哈迪 - 温伯格不平衡（HWD）等概念对于理解基因的分布和遗传模式至关重要。同时，人类基因组计划和国际单倍型图谱计划（HapMap）为基因定位研究提供了重要的基础信息。下面我们将详细探讨这些内容。

连锁不平衡的起源与范围

在进行疾病相关基因研究时，使用标记而不是疾病易感位点（DSL）时与零假设的偏差较小，但检验效力受两个位点的等位基因频率和效应大小的影响。如果DSL和标记之间没有LD（r = 0），则预计疾病表型与标记之间无关联。

LD是一个短程概念，与连锁不同，我们不期望LD在两个位点之间的长距离上持续存在。在典型的候选基因研究中可能至少需要20个标记，精细定位连锁区域可能需要数千个标记，而全基因组关联研究则需要500K到100万个标记。拒绝无关联的零假设表明DSL与标记“物理距离接近”。那么标记需要多近呢？这就需要考虑群体中LD的起源和维持。

连锁、LD和HWD这三个概念有所不同。连锁是一个物理概念，用重组事件描述两个位点之间的物理距离，最小值为0（意味着位点间从不发生重组），最大值为1/2（可解释为两个位点位于非同源染色体上），且重组分数不依赖于个体的种族起源。而LD是一个群体概念，涉及两个不同位点的等位基因在同一条亲代单倍型上出现的群体概率。在这方面，LD与HWD类似，HWD关注的是同一个位点的两个等位基因在个体基因型中同时出现的群体概率。和HWD一样，LD在群体中产生的原因有很多，包括突变、紧密连锁以及群体亚结构。

LD在群体中产生的原因包括突变、紧密连锁和群体亚结构。由突变和紧密连锁产生的LD对关联作图有用。LD的产生和维持方式决定了这个术语的含