python读取hdr格式的医学图片

最新推荐文章于 2024-04-23 13:04:17 发布
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分类专栏： Medical Image python
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/thunder_k/article/details/99626852
本文介绍如何处理iSeg2019比赛中的hdr格式数据，通过使用nibabel和SimpleITK库，将数据从.img和.hdr文件转换为.nii格式，以便于进一步的图像处理和分析。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

最近参加iSeg2019的比赛，拿到的数据是hdr格式的，每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的元数据。
使用nibabel 读取，然后用simpleitk保存为nii文件

import nibabel as nib
import SimpleITK as itk
img_path = ...
save_path = ...
img = nib.load(img_path) 
data = img.get_data() 
data = data.squeeze(data)
data = data.transpose(2,1,0)
img = itk.GetImageFromArray((data))
itk.WriteImage(img,save_path + filename + '.nii')
读取hdr图像_Python与医疗图像2
weixin_42525343的博客
01-12 776
1. 医学影像学解析：[1]医学影像学Medical Imaging，是研究借助于某种介质[如X射线、电磁场、超声波等]与人体相互作用，把人体内部组织器官结构、密度以影像方式表现出来，供诊断医师根据影像提供的信息进行判断，从而对人体健康状况进行评价的一门科学，包括医学成像系统和医学图像处理两方面相对独立的研究方向。[2]仪器主要包括X光成像仪器、CT[普通CT、螺旋CT]、正子扫描[PE...
Python读取高光谱.dat&.hdr格式文件
weixin_43995293的博客
08-24 6603
今天找到了一个高光谱数据集，但利用百度上的方法无法读入数据，经过一番尝试终于成功。 import spectral img = spectral.envi.open('test.hdr', 'test0.dat' ) 成功读入数据： 输出图像： import matplotlib.pyplot as plt for i in range(0,img.shape[2]-1,10): p=img.read_band(i) plt.imshow(p) plt.show().
python读取.hdr格式高动态图片
qq_34622844的博客
02-26 1万+
总结了两种在python中读取.hdr图片的方法 imageio读取.hdr import imageio imageio.plugins.freeimage.download() img = imageio.imread(hdr_path, format='HDR-FI') opencv读取 import cv2 img = cv2.imread(hdr_path, flags =...
关于ENVI遥感影像的hdr元数据信息设置与读取（C++ 、Python）
静以修身，简以养德
04-23 1430
最近在做遥感影像高光谱纠正部分，要求输出ENVI格式（*.img），ENVI格式影像一般包括img文件（*.img）和hdr文件（*.hdr）两部分组成。
Python实现mat、tif和hdr不同格式读取
主要是关于代码方面的内容，包括但不限于Python、MATLAB、ENVI、ArcGIS
07-20 1290
利用scipy库加载
python 读取NIFTI(.nii)格式图像
12-22
Python 读取NIFTI (.nii) 格式图像主要涉及到医学图像处理领域，NIFTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) 格式是一种广泛使用的神经影像数据存储标准。这种格式的图像通常由一对文件组成，即`.hdr`...
python读取nii文件_读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作
weixin_39613951的博客
12-10 2396
读取nii或者nii.gz文件中的信息，并且输出图像。import matplotlibfrom matplotlib import pylab as pltimport nibabel as nibfrom nibabel.viewers import OrthoSlicer3Dfile = '' #你的nii或者nii.gz文件路径img = nib.load(file)print(img)p...
python医学图像读取_python使用SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据并保存为图片...
weixin_39940913的博客
12-20 2270
SimpleITK 和 Nibabel 的区别：SimpleITK 加载数据是channel_first，即(155，240，240)；Nibabel 是 channel_last，即(240，240，155)，其中155是图像通道数，也就是155张图像，可以把nii看成二维图像，也可以看成三维。But nibabel加载出来的图像被旋转了90度，横过来了，不知道什么原因~亟待解决~Simple...
全网最详细 Python如何读取NIFTI格式图像（.nii文件）和 .npy格式文件和pkl标签文件内容
sinat_28371057的博客
05-26 5260
在医学图像处理中，我们经常使用一种NIFTI格式图像（.nii文件），现在我们来看看 什么是.nii文件？ 该如何读取.nii文件？ 1. NIFTI格式图像 什么是NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式图像？ 在讲解什么是NIFTI格式之前，得先了解一下Analyze格式。Analyze格式储存的每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的
自编读图片raw；gif；hdr
03-08
读取HDR文件的程序需要能够处理和合并这些曝光值，可能还需要进行色调映射以便在标准显示器上显示。 描述中提到，这个程序可以处理“高光谱，红外，拉曼”等特殊类型的图像数据，这意味着程序可能集成了处理这些...
image_HDR_python:图像HDR，主要用于暗光照的增强，python实现
05-13
image_HDR_python 图像HDR，主要用于暗光照的增强，python实现 创新点：只对缺失光照的地方进行补光增强，而对光照充足的区域影响较小 需要环境: python3 numpy opencv-python scipy
HDR格式头文件读取
08-31
能够读取MODIS影像的头文件信息,从而得到ＭＯＤＩＳ影像的基本特征，为以后的定标校正做准备。
python怎么保存为nii文件_python处理nii文件
weixin_39709674的博客
12-06 1526
第一步安装nibabel，可以使用命令：pip install nibabel之后：from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D as osdimport nibabel as nibfilename = 'image.nii'img = nib.load(filename)#输出文件信息print(img)w,h,q = img.dataobj.shape#...
.hdr/img转nii格式-python版本
qq_45635206的博客
11-25 1049
.hdr/img格式转为nii格式，python代码实现
基于python的Spectral模块读取高光谱影像信息的一些笔记
bailongyang的博客
05-03 4930
关于python中spectral模块的使用
【医学影像】如何无信息损失的读取、处理和保存nii文件（python，nibabel）
AbeeCode
09-16 7347
最近工作中需要解决一个问题： 读取nii格式的医学图像，更改内部的矩阵，重新保存成nii数据 但是Nifti数据本身是除了矩阵信息（也就是图像信息之外），还有和物理坐标相关的仿射矩阵以及Header头文件信息，但是nibabel的获取数据的方法get_data()是一个单向操作，只可以获取数据，并不能把数据直接存到一个现成的nii文件中，并没有诸如nii_img.data = new...
python 笔记：打开nii格式（nibabel 库）
qq_40206371的博客
06-28 1万+
在解释NII（NIFTI，neuroimaging information technology initiative）格式之前，我们需要先知道一下Analyze格式。每一个Analyze格式的数据包含了两个文件：带有二进制图像信息的.img，包含图像元数据的头文件.hdr但是，Analyze的头文件不能很真实地反应元数据（比如没有方向信息，eg在左边还是在右边），于是NIFTI格式文件应运而生nii格式（nifti格式的扩展）是为多维神经影像学发明的。一个nii格式主要包含三部分：hdr, ext, im
Python读取raw文件
benniaofei18的博客
05-29 1万+
rawData = open("foo.raw" 'rb').read() imgSize = (x,y) ###The size of the image # Use the PIL raw decoder to read the data. # the 'F;16' informs the raw decoder that we are reading # a little endian...
python 读取.nii格式图像
热门推荐
m0_37852937的博客
12-16 2万+
# encoding=utf8 ''' 查看和显示nii文件 ''' import matplotlib matplotlib.use('TkAgg') from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel import nifti1 from nibabel.viewers import OrthoSl...
urp后处理shader读取HDR图像
最新发布
03-02
### 如何在 URP 中通过后处理着色器读取 HDR 图像 #### 准备工作 为了能够在 Universal Render Pipeline (URP) 中利用后处理着色器来加载和显示高动态范围(HDR)图像，需先确认项目配置已启用必要的选项。这包括确保使用的材质能够接收来自光源的高强度照明数据，并且场景视窗具备呈现这些细节的能力。 #### 创建自定义 Post-process Shader 对于希望集成HDR图片作为后期特效一部分的情况，可以通过编写自定义Shader完成此操作。下面是一个简单的例子，展示了如何在一个片段着色函数内访问HDR纹理资源： ```csharp // C#脚本部分 - 将HDR图分配给材质属性 using UnityEngine; public class LoadHDRI : MonoBehaviour { public string hdriPath; void Start(){ Renderer renderer = GetComponent<Renderer>(); Material material = new Material(Shader.Find("Custom/PostProcess")); // 加载HDR图像并将其设为材质参数 Texture hdrImage = Resources.Load<Texture>(hdriPath); material.SetTexture("_HdrTex",hdrImage); renderer.material = material; } } ``` ```hlsl // HLSL代码段 - 定义顶点与片元程序以应用HDR效果 Shader "Custom/PostProcess" { Properties { _HdrTex ("HDR Image", 2D) = "" {} } SubShader { Tags {"Queue"="Transparent"} Pass { CGPROGRAM #pragma vertex vert_img #pragma fragment frag sampler2D _HdrTex; float4 frag(v2f_img i): COLOR { return tex2D(_HdrTex, i.uv); // 输出HDR像素值 } ENDCG } } } ``` 上述C#脚本负责初始化阶段从Resources文件夹下获取指定路径中的HDR格式图片，并传递给HLSL编写的着色逻辑；而后者则是在渲染过程中实际调用该纹理样本的位置[^2]。 值得注意的是，在URP环境下开发时应特别关注所选图形API的支持情况以及硬件兼容性问题。某些高级特性可能依赖于特定版本以上的驱动或操作系统功能才能正常运作[^1]。 另外，当涉及到复杂的视觉表现形式如全局光照、反射等，则建议考虑采用更专业的解决方案比如内置的高清渲染管线(High Definition RP)，因为它们提供了更好的性能优化和支持更多的现代GPU技术，例如实时光线跟踪[^3]。
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