python读取hdr格式的医学图片

本文介绍如何处理iSeg2019比赛中的hdr格式数据,通过使用nibabel和SimpleITK库,将数据从.img和.hdr文件转换为.nii格式,以便于进一步的图像处理和分析。
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最近参加iSeg2019的比赛,拿到的数据是hdr格式的,每组数据组包含2个文件,一个为数据文件,其扩展名为.img,包含二进制的图像资料;另外一个为头文件,扩展名为.hdr,包含图像的元数据。
使用nibabel 读取,然后用simpleitk保存为nii文件

import nibabel as nib
import SimpleITK as itk
img_path = ...
save_path = ...
img = nib.load(img_path) 
data = img.get_data() 
data = data.squeeze(data)
data = data.transpose(2,1,0)
img = itk.GetImageFromArray((data))
itk.WriteImage(img,save_path + filename + '.nii')
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