该文描述了如何利用Samtools工具对bam文件进行操作，首先对文件进行排序生成nsorted.bams，然后修复mate信息得到fixmate.bam，接着再次排序为fixmatesorted.bam，最后执行markdup步骤去除重复读取，生成rmdup.bam。
samtools sort -n -@ 5 work.bam -o work.nsorted.bam
samtools fixmate -@ 5 -m work.nsorted.bam work.fixmate.bam
samtools sort -@ 5 work.fixmate.bam -o work.fixmatesorted.bam
samtools markdup -r work.fixmatesorted.bam work.rmdup.bam
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