nnU-Netv2在服务器上使用全流程（小白边踩坑边学习的记录）

| labelsTs | test 训练集的label涂层（optional） |
| dataset.json | 文件信息，详见步骤五 |

特别注意，取名原则如下：

images里面在.nii.gz前要加入0000（代表是模态0，若有其他模态的就依次0001，这个数字在json文件里要有体现，比如0模态是CT，1模态是MRI，详情请见步骤6），label是同名文件，但没有0000,0001

不同于nnunet初代版本在nnUNet_raw里面不需要额外的 cropped

步骤五：数据集的转换与json文件

数据集转化这次没用上，就先不细说了，后续再补充

json文件相较nnunet初代版本改了好多。但考虑到其实写的比原先版本更简洁了，可以认为是件好事情吧：

我一开始用了初代的json惨遭报错：

标准格式的文件如下：

nnunetV2给了相应的脚本：

可参考：nnU-Net v2的环境配置到训练自己的数据集（详细步骤）_小萝北hh的博客-优快云博客

其中labels 0,1,2,3请务必对应好！所有mask文件上出现的数字都要有归属，目前nnunet尚不支持重合的mask（即不同mask之间有交集）。对文件里mask数字位置的，可以打开python去读文件或者，ITK-SNAP读一下：ITK-SNAP Home (itksnap.org)")

Label1是红色，label2是绿色，则这层mask的矩阵，对应红色区域位置是1，绿色的是2，其余（background）是0

（备注：ITK-SNAP，包括python里面一些需要调用itk包，都是在路径中不能出现中文字，甚至“-”都不能出现，可以改用为“_”）

步骤六：修改环境变量（三个）

这一步即为重要，在服务器上面无法ctrl+H的打开.bashrc文件，一般的本地也需要修改环境变量，用这个方法应该也可以

需要用到vim

1、进入vim

 vim ~/.zshrc

vim ~/.bashrc （在我的使用中是 vim ~/.zshrc

2、进入编辑模式

:a

（注意冒号！）

3、修改三个环境变量：

请一一对应好步骤四 上述文件格式里的三个文件夹

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