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1原创 Using MAKER for Genome Annotation
MAKER 在基因组注释方面表现出了较高的准确性和可靠性。它能够有效地识别基因、调控区域以及其他重要的基因组特征，为我们深入了解基因组的结构和功能提供了有力的支持。其次，实验结果表明，经过 MAKER 注释的基因组可以作为重要的参考资源，用于后续的比较基因组学研究、基因表达分析、进化研究以及疾病生物学等领域的探索。它为这些研究提供了基础数据和框架，有助于推动相关领域的发展。
2024-11-02 15:17:30
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原创 Calling short variants with GATK4
GATK4 能够有效地识别样本基因组中的单核苷酸变异和小的插入缺失等短变异类型。该工具具有较高的准确性和可靠性，为后续的疾病研究和遗传分析提供了坚实的数据基础。同时，实验过程也表明，正确的参数设置和数据预处理对于获得高质量的结果至关重要。GATK4 能够有效地识别样本基因组中的单核苷酸变异和小的插入缺失等短变异类型。该工具具有较高的准确性和可靠性，为后续的疾病研究和遗传分析提供了坚实的数据基础。同时，实验过程也表明，正确的参数设置和数据预处理对于获得高质量的结果至关重要。
2024-11-02 15:16:31
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原创 【网络】HTTP协议及fiddler抓包工具（1）
介绍了fiddler抓包工具的使用方法，HTTP协议的基本格式，URL的基本格式，以及url encode如何执行。
2024-10-19 14:00:23
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原创 【Java】TCP网络编程套接字
本文主要介绍了TCP通信的基本模型，以及如何利用Java语言来设计一个简单的回显服务器/客户端，然后探讨了一些需要注意的问题。
2024-10-10 15:34:44
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原创 ChIP-seq/ATAC-seq peak calling and QC
ChIp-seq/ATAC-seq是表观基因组学(epigenomics)常用的两种测序手段，MACS2/GEM是peak calling中常用的工具。
2024-09-29 20:34:24
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原创 RNA-seq实践
通过对RNA-seq原始的fastq数据进行分析，然后通过R语言的DESeq2包对得到的计数矩阵进行统计分析。目的是为了能够熟悉并掌握RNA-seq的分析流程，对常用软件如fastqc，STAR进行练习，对常用的数据矩阵合成命令如paste，cut，head，tail等进行练习，对差异表达基因分析常用的DESeq进行练习和学习，从而能够理解RNA-seq分析的基本流程和原理。
2024-09-27 00:22:58
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原创 MySQL必知必会（下）
包中的一些类和接口组成，它为Java开发人员操作数据库提供了一个标准的API，可以为多种关系数据库提供统一访问。JDBC是一种用于执行SQL语句的Java API，它是Java中的数据库连接规范。而如果在执行完第一个语句后，出bug了，那么张三少了500元，而李四却没收到！以此，我们引出事务的概念：事务指逻辑上的一组操作，组成这组操作的各个单元，
2024-09-08 22:10:16
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原创 MySQL必知必会（中）
因为name既不是“分组依据字段”，也不在聚合函数中，那将取每组中第一个出现的name展现，所以出现了错误匹配的情况。例如学生期末考试成绩，既要与学生表联系，又要与课程表联系，而一个学生可以选多门课，一门课程可以被多个学生选择，即多对多。说到这里，那么select from后面可以跟多个表吗，答案是当然可以，这就是我们要说的联合查询。使用UNION和UNION ALL时，前后查询的结果集中，字段需要一致。显然，这样的结果并不是我们想要的，因此需要建立连接，来避免这种情况。
2024-09-08 19:38:14
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原创 MySQL必知必会（上）
数据库是一类软件，这一类软件可以“管理数据”（保存数据，增删查改）。其可分为关系型数据库（如：Oracle，MySQL，SQLServer）和非关系型数据库（如Redis，MongoDB）。实际开发中，一个复杂的系统（网站）背后往往有多种“存储介质”，很可能是关系型数据库和非关系型数据库搭配使用的。MySQL就是关系型数据库的一种，其免费开源，是个稳定，可靠，快速，可信的系统。
2024-09-08 16:34:26
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空空如也
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