LAMMPS后处理及编程技巧(使用Matlab)

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本文详细介绍了如何利用Matlab对LAMMPS分子模拟的输出数据进行后处理,包括读取输出文件、提取原子坐标、计算物理量如势能,并利用Matlab的绘图功能进行数据可视化。此外,还展示了如何自定义函数以满足特定需求,如计算原子坐标的平均值,为LAMMPS用户提供深入分析模拟结果的工具。

LAMMPS后处理及编程技巧(使用Matlab)

LAMMPS(大型原子/分子可扩展模拟器)是一个用于原子和分子动力学模拟的开源软件包。在进行分子模拟后,我们通常需要对模拟结果进行后处理和数据分析。本文将介绍如何使用Matlab进行LAMMPS后处理,并提供一些编程技巧和示例代码。

  1. 读取LAMMPS输出文件

在LAMMPS模拟中,通常会生成一个或多个输出文件,包含了模拟过程中的原子坐标、势能、压力等信息。首先,我们需要读取这些输出文件以进行后续处理。假设我们的输出文件为“output.lammps”,下面是读取该文件的示例代码:

filename = 'output.lammps';
data = importdata(filename);

通过importdata函数,我们可以将文件中的数据载入到一个结构体data中。接下来,我们

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