46、系统发生学：从理论到实践的深入剖析

系统发生学：从理论到实践的深入剖析

1. 系统发生学中的数学计算基础

在系统发生学的研究里，存在着两个独立矩阵 (b) 和 (c)，还有四个齐次参数或者说两个独立参数。值得注意的是，由于 (c = d)，所以 (p_{12}) 和 (p_{13}) 是相同的，并且选定的这个值需要计算两次。这样一来，数据空间就仅仅是四维的。

从特定的公式出发，我们借助 Maple 进行计算。将输出概率分别记为 (p_1)、(p_2)、(p_3) 和 (p_4)，具体的 Maple 代码如下：

#recall that p123,p12,…were defined in Code 15.4.1
> p1:=subs({d0=c0,d1=c1,a0=b0*c0+3*b1*c1,a1=b0*c1+b1*c0+2*b1*c1},p123): p1:=simplify(p1);
> p2:=subs({d0=c0,d1=c1,a0=b0*c0+3*b1*c1,a1=b0*c1+b1*c0+2*b1*c1},p12):
> p2:=2*simplify(p2); #for emphasis
> p3:=subs({d0=c0,d1=c1,a0=b0*c0+3*b1*c1,a1=b0*c1+b1*c0+2*b1*c1},p23): p3:=simplify(p3);
> p4:=subs({d0=c0,d1=c1,a0=b0*c0+3*b1*c1,a1=b0*c1+b1*c0+2*b1*c1},pdis): p4:=simplify(p4);

通过上述计算，我们得到：
(p_