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上文（https://lipidong.blog.youkuaiyun.com/article/details/88975801） 提到了根据参考基因组的位置来提取bam信息，根据基因组区域来提取其实是比较容易的，即便没有现成的软件我们将bam排序后，用awk也可以快速提取，但是如果是根据reads名称来提取就比较麻烦了，自己写脚本或者用grep速度会比较慢，今天推荐用picard来操作。java -ja...

测序完成得到的reads我们会比对到参考基因组得到bam文件，bam文件一般很大，很多时候我们只需要提取部分内容。根据参考基因组位置提取根据指定基因组区域的提取bam，可以使用以下命令。samtoolssamtools view -hb chr:start-end wgs.sort.bam > target.region.bam# 根据bed文件来提取samtools vie...

  转自： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247487425&idx=1&sn=855a6f72cfa78840157aa87b68ce36f4&chksm=ec0dca4bdb7a435d178c2ac72a3ff78170951812f80ba3b3fae78...

RepeatMasker 是 UCSC Genome Browser的一个track，位于repeats模块。RepeatMasker（http://www.repeatmasker.org/）是Arian Smit等人开发的程序，可以筛选DNA序列中的散在重复序列（ interspersed repeats）和低复杂序列（low complexity DNA sequences），类型主要包...

转自：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMzY4MTYxNw==&mid=2655752921&idx=1&sn=159f79dde58d2145c59307e23a06b97a&scene=0#wechat_redirect这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower有朋友在后台留言让介绍下UCSC Genome...

UCSC Genome Database（http://genome.ucsc.edu/）是加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）创立和维护的一个重要的生物学数据库，它包含了大量基因组数据，基因组间的比对信息， 参考序列（mRNA, EST ）、基因注释信息（ENCODE ）、表型、表达谱、调控信息、保守性、变异、重复区域等一系列信息UCSC 数据库提供了可视化工具 Genome Browser 去...

本地采用blast比对完成后，会得到一个xml文件，但是xml文件过于复杂，不好处理。我们可以采用biopython将其转换为 blast-tab 文件。from Bio import SearchIOxml = SearchIO.parse('/your/xml-path/', 'blast-xml')SearchIO.write(xml, '/your/output-path', 'bla

bam文件统计覆盖深度、靶向捕获效率是在基因组测序分析中经常用到的操作，之前也用过python、perl实现过但是速度比较慢，今天偶然发现了一个软件bamdst（https://github.com/shiquan/bamdst)， 采用c语言编写，速度快，分析的类型也比较多，涉及到了mapping统计、靶向捕获统计、flanking区域统计、深度覆盖统计等。用起来比较方便，具体使用可以参考git

基因组组装算法目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（Celera Assembler、PBcR），de Bruijn Graph（SOAPdenovo ） 和 String Graph（Falcon）。相关文献基于De Bruijn图的宏基因组序列组装算法研究（CNKI）对基因组组装算法的分析和研究（CNKI）基于De Bruijn图的De Nov