自由 平等~忠诚 奉献

Linear AlignmentAn alignment of a read to a single reference sequence that may include insertions, deletions, skips and clipping, but may not include direction changes (i.e. one portion of the align...

Illumina Nextseq500 Miseq HiseqXten 测序仪 Q-score均采用下面的编码格式，仅作简要介绍。Q-scoreQ-score 在fastq中每个序列的第4行，代表测序错误的概率。Quality Score Q(X) ## Error Probability P(~X) Q40 ##

参考 http://pythonforbiologists.com/index.php/randomly-sampling-reads-from-a-fastq-file/最近要做一个二代测序的模拟，所以网上找了个小脚本，做了些注释，希望能够帮助大家。from __future__ import divisionimport randomnumber_to_sample = 3000000nu

前文 http://blog.youkuaiyun.com/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何采用 sra-toolkit 下载 sra 文件，但是如果你想下载整个项目的所有样本，应该怎样批量下载呢，下面参考biostar网站的部分回帖，做简单介绍。R语言 SRAdb 包参考 https://www.biostars.org/p/93494/# 安装sou

随着测序技术的不断提高，二代测序数据成指数增长。 NCBI提供了SRA数据库存储这些数据。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra为了方便更好的分析这些数据，NCBI提供了下载的命令行工具：sra-toolkit。包括以下命令： 官方文档： http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_do