GWAS-GS学习笔记
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文章平均质量分 68
用各种软件学习进行GWAS分析和GS分析
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PLINK-GWAS学习9------对于二元数据的关联分析
前期的准备文件：上一个教程中的HapMap_3_r3_13 (with .bed, .bim, and .fam. extensions) and covar_mds.txt。原创 2022-08-31 15:09:44 · 1851 阅读 · 0 评论 -
PLINK-GWAS学习8--------检查人口分层
人群分层：一项研究中存在多个亚群（例如具有不同种族背景的个体），因为等位基因频率在亚群之间可能不同，所以群体分层可能导致假阳性关联和/或掩盖真实关联。GWAS系统偏差的一个重要来源是人口分层。......原创 2022-08-30 23:41:34 · 1709 阅读 · 0 评论 -
PLINK-GWAS学习7------数据质控之亲缘关系质控
相关性：一对个体的遗传相关性强度。传统的GWAS假设所有的受试者都是不相关的，即没有一对个体比二级亲属关系更密切（三代内）。如果没有适当的校正，包含亲属可能会导致对SNP效应大小的标准误差的估计有偏差。...原创 2022-08-24 14:26:40 · 2839 阅读 · 4 评论 -
PLINK-GWAS学习6------数据质控之杂合率质控
个体的杂合率偏差表明样品可能受到污染以及可能存在近亲繁殖。原创 2022-08-22 21:24:38 · 4666 阅读 · 0 评论 -
PLINK-GWAS学习5------数据质控之H-W平衡检验
文章中对于哈温平衡检验的建议筛选阈值是不一样的，对于二元性状（病例-对照）中病例组的P值为P原创 2022-08-20 17:31:18 · 2634 阅读 · 0 评论 -
PLINK-GWAS学习4------数据质控之过滤稀有突变
根据MAF筛选SNP,对于常见的表型，稀有突变的作用一般较小，同时如果针对稀有突变进行选育或者研究时需要最小等位基因需要足够的个体数，那么这就需要有足够大的抽样群体，费时费力。原创 2022-08-19 22:52:43 · 1079 阅读 · 0 评论 -
PLINK-GWAS学习3------数据质控之性别质控
根据性别检查的判断条件，女性的F值必须小于0.2，男性的F值必须大于0.8。原创 2022-08-19 11:46:57 · 1471 阅读 · 0 评论 -
PLINK-GWAS学习2------数据质控之缺失质控
需要进行过滤的原因是因为缺失过高的SNP位点和个体都属于低质量数据，如果将其纳入关联分析中会产生不利影响原创 2022-08-18 23:06:46 · 1251 阅读 · 2 评论 -
PLINK-GWAS学习1------了解数据格式
这个文章是学习与踩坑记录，包括一些处理流程以及遇到的坑的解决方法。原创 2022-08-18 19:40:19 · 1542 阅读 · 0 评论