PySurfer - learning examples

本文档记录了阅读PySurfer示例时的关键点,包括Brain对象构造、FMRI激活数据可视化、体素数据到表面的映射、联合分析及焦点绘制。详细解释了如'sig'的含义、astype(bool)的作用以及map_surface的功能。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

该文档是本人在阅读pysurfer的examples时把遇到的一些函数进行了摘录和注释,希望能对该软件的了解有所助益
详细例子见:http://pysurfer.github.io/examples/index.html

in plot_basics.py

Call the Brain object constructor with these parameters to initialize the visualization session.
sunject_id是被试编号,hemi是指定显示哪个半球等,surface是指定显示哪个皮层

brain = Brain(subject_id, hemi, surface)

in plot_fmri_activation.py

将激活数据(已经完成过体素到surfer的转换)overlay到之前打开的visualization session上,set threshold and showing only the positive activations.
brain.add_overlay(overlay_file,min=5,max=20,sign="pos")

You can then turn the overlay off.也就是说把overlay上去的激活从图中去掉
brain.overlays["sig"].remove()

这里为什么会出现”sig”?

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