进化生态学
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基于vcf文件计算位点频谱SFS——easySFS
位点频谱（site frequency sperum）是使用遗传数据进行群体历史研究的基础数据，easySFS.py将可以将划分好群体的snp.vcf文件转换为SFS，该脚本输出可适用于和∂a∂i两个进行群体历史研究的主流方法。原创 2024-01-26 17:20:57 · 2422 阅读 · 0 评论 -
基于经纬度信息提取气候因子图层数据
在进行生物地理学研究时，我们时常会涉及到提取特定位置的气候变量值，而ArgMap操作过于麻烦（主要是要付费）,而R包raster提供的功能完美解决了该问题。原创 2023-12-21 16:36:08 · 2020 阅读 · 0 评论 -
GWAS全基因组关联分析实战——基于Plink转换vcf数据为二进制
vcf数据是保存变异信息的主要数据格式，plink是进行全基因组关联分析（GWAs）分析的常用工具包，同时提供一系列数据转换、裁剪和遗传统计量计算工具。本文以实际数据提供基因组关联分析方法。原创 2023-11-13 17:26:25 · 2822 阅读 · 0 评论 -
连锁不平衡及LD decay analysis
连锁不平衡原创 2022-11-18 11:12:25 · 3727 阅读 · 1 评论 -
siRNA vs. miRNA
（gene silencing）是生物体中重要的分子生物学过程，一般由（small interference RNA）和（micro RNA）介导。而两种RNA由于其复杂的作用机制和高效的沉默效率，在过去20年来都是分子生物学研究的热点。由于两者的作用机制比较类似，所以在概念上极易混淆。原创 2023-04-16 23:35:20 · 1243 阅读 · 0 评论 -
Selective sweep与Genomic island
最近在阅读文献时遇到了==“genomic island”“selective sweep”==比较难理解。之前在一篇综述（）中我一度以为自己已经理解了此概念，但是将自己理解的概念运用到研究性文章中却发生了诸多不符……原创 2023-05-14 20:06:20 · 668 阅读 · 0 评论