13、作物物种测序分型概述及其应用与植物杂交富集测序探索遗传多样性

作物物种测序分型概述及其应用与植物杂交富集测序探索遗传多样性

在植物研究领域，随着科技的不断进步，测序技术在挖掘植物遗传潜力方面发挥着越来越重要的作用。下面将围绕作物测序分型以及植物杂交富集测序展开详细介绍。

作物测序分型研究

在作物研究中，测序分型技术对于了解作物的遗传结构和多样性至关重要。以辣椒研究为例，研究人员旨在解锁栽培辣椒的遗传潜力，因为辣椒凭借其丰富的营养特性，是一种重要的蔬菜作物。

1. 表型分析
   • 研究人员综合考虑地理起源和果实特征来区分不同的辣椒品种。利用自动化工具（如色度计、二维扫描仪）对果实的形态特征进行了详细评估，获取了38个果实大小和形状属性的超过30万个数据点。
   • 主要的表型变异归因于果实大小性状（如周长、面积、果实高度和宽度），这些性状被认为是培育新品种的关键属性。
2. SNP筛选与关联分析
   • 为了确定导致表型变异的基因组区域，研究人员进一步筛选出高质量的单核苷酸多态性（SNP，mmMAF 0.01，覆盖率90%）。
   • 基于一般线性模型，首次尝试将SNP等位基因与形态性状进行关联分析，鉴定出了多个与表型变异高度相关的SNP。在负责果实大小变异的主要性状以及育种中高度关注的形状性状方面，在染色体2、3、6和9上检测到了高度相关的SNP。
3. 后续研究计划
   • 下一步，研究人员将把参数方法（STRUCT