R提示ERROR: dependencies ‘caret’ are not available for package ‘XXX’ 和MethylCIBERSORT的R包安装

一、ERROR: dependencies ‘caret’, ‘glmnet’, ‘NMF’ are not available for package ‘MethylCIBERSORT’ * removing ‘/home/shuangshuang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/MethylCIBERSORT’解决办法

我的问题是‘caret’, ‘glmnet’, ‘NMF’ 这三个包没有安装，我安装后就解决了。

（详细的解决问题的过程和MethylCIBERSORT的安装看第二部分）

二、MethylCIBERSORT包安装

最近在做甲基化细胞类型反卷积的内容（关于细胞类型反卷积的概念和常用的方法网上很多），所以就搜集文献，这篇2018年发表在nature COMMUNICATIONS上名为Pan-cancer deconvolution of tumour composition using DNA methylation的论文提出了MethylCIBERSORT包

所以我就去下载这个包，首先就是去https://doi.org/10.5281/zenodo.1298968下载MethylCIBERSORT_Release_0.2.1.zip