Windows 7 64位 配置PSI-Blast 生成PSSM矩阵

blast+的本地化构建

1.1程序下载 链接到：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

1.2安装流程

建议安装在非系统盘，如将下载的 BLAST 程序安装到 E:\blast，生成 bin、doc 两个子目录，其中 bin 是程序目录，doc是文档目录，这样就安装完毕了。

1.3用户环境变量设置

右 键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1)，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即 “E:\Blast\bin”。 此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径，图2)。 

1.4查看程序版本信息
点击 Windows 的“开始”菜单，输入“cmd”（XP系统在运行中输入cmd）（图3）调出 MS-DOS 命令行，转到 Blast 安装目录，输入命令“blastn -version”即可查看版本（图4）：

2．blast+本地数据库的构建

2.1 数据的获取

法 1：直接从 NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是 fasta，名字可以自己随便命名，具体做法下面有说明 ）。

法 2：从NCBI中的 ftp 库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中 nr.gz 为非冗余的数据库，nt.gz 为核酸数据库，month.nt.gz 为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用winrar解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。