SelectBox in Frame

博客介绍了在Frameset帧结构中实现SelectBox页面跳转的方法。先建立Frameset帧结构并为每个frame页面命名,给出左侧页面nav.htm代码,通过JavaScript函数实现点击SelectBox选项在右侧页面跳转,还提及若不在FRAME中打开页面的替换方法。

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SelectBox in Frame

首先,建立Frameset帧结构,为每个frame页面起名(红色部分):

<FRAMESET COLS="134,*" FRAMEBORDER="0">
<FRAME SRC="nav.htm" SCROLLING="NO" name="left">
<FRAME SRC="main.htm" name="right">
</FRAMESET>

以上请自己调整适应自己的页面。

下面是左侧的页面nav.htm的代码:

<HTML>
<HEAD>
<TITLE></TITLE>
</HEAD>

<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<!--
function selectbox(indexbox) {

parent.right.location.href = document.selectform.select.options[indexbox].value;
}
//-->
</SCRIPT>

<BODY BGCOLOR="WHITE">

<FORM name="selectform">
<div align="center">
<SELECT onChange="selectbox(this.selectedIndex);" SIZE=6 name="select">
<OPTION VALUE="link1.htm">连接页面1
<OPTION VALUE="link2.htm">连接页面2
<OPTION VALUE="link3.htm">连接页面3
<OPTION VALUE="link4.htm">连接页面4
<OPTION VALUE="link5.htm">连接页面5
<OPTION VALUE="link6.htm">连接页面6 //一共6个连接页面,与上面的数字一致。
</SELECT>
</div>
</FORM>

</BODY>
</HTML>

右侧的页面随便。注意:颜色相同部分要一致。right是左侧的frame的名字啊。

如果不需要在FRAME中打开页面,用location替换parent.right.location.href 即可在全页面打开连接,当然不必再建立FRAMESET了。

import MDAnalysis as mda from MDAnalysis.analysis.distances import distance_array import numpy as np from collections import defaultdict # 参数设置 cutoff_Si_O = 1.8 # 硅氧键截断距离(&Aring;) Qn_range = (0, 4) # 关注的Qn分布范围 # 读取LAMMPS轨迹文件 u = mda.Universe( r"E:\zou-fang\zf-desktopfiles\statistic\Z-NEW\NaOH-loop-new\action\yongdao-shuju\NaOH_6.55\0.2-300\sub-0.2-NaOH_6.55-300.data", r"E:\zou-fang\zf-desktopfiles\statistic\Z-NEW\NaOH-loop-new\action\yongdao-shuju\NaOH_6.55\0.2-300\sub-0.2-NaOH_6.55-300.lammpstrj", topology_format="data", format="lammpsdump") # 选择原子类型 (根据实际类型ID调整) silicon = u.select_atoms("type 1") # 假设硅原子类型为1 oxygen = u.select_atoms("type 2") # 假设氧原子类型为2 # 初始化Qn分布统计 frame_count = 0 qn_distribution = defaultdict(int) for ts in u.trajectory: # 遍历所有帧 print(f"Processing frame {ts.frame}") # 获取周期性盒子信息 box = ts.triclinic_dimensions # 步骤1:识别桥氧原子 bridge_oxygen = set() # 计算氧-硅距离矩阵 o_si_dist = distance_array(oxygen.positions, silicon.positions, box=box) # 标记桥氧(连接两个硅原子) for o_idx in range(len(oxygen)): si_neighbors = np.where(o_si_dist[o_idx] < cutoff_Si_O)[0] if len(si_neighbors) == 2: bridge_oxygen.add(o_idx) # 步骤2:计算硅原子的Qn值 # 计算硅-氧距离矩阵 si_o_dist = distance_array(silicon.positions, oxygen.positions, box=box) for si_idx in range(len(silicon)): # 获取当前硅周围所有氧 o_neighbors = np.where(si_o_dist[si_idx] < cutoff_Si_O)[0] # 统计桥氧数量 qn = sum(1 for o_idx in o_neighbors if o_idx in bridge_oxygen) qn = np.clip(qn, *Qn_range) # 限制在指定范围 qn_distribution[qn] += 1 frame_count += 1 # 步骤3:统计结果 total_counts = sum(qn_distribution.values()) print("\nQn分布统计结果:") for q in sorted(qn_distribution): percentage = qn_distribution[q] / total_counts * 100 print(f"Q{q}: {percentage:.2f}%") 运行报错ValueError: Invalid box information. Must be of the form [lx, ly, lz, alpha, beta, gamma].应当怎么调整代码
03-12
<think>好的,我现在需要解决用户在使用MDAnalysis时遇到的错误:ValueError: Invalid box information. Must be of the form [lx, ly, lz, alpha, beta, gamma]。用户提供的代码在读取LAMMPS轨迹文件时出现了这个问题,我需要找出原因并提供调整方法。 首先,我应该回忆MDAnalysis中关于周期性盒子(box)的处理。根据文档,MDAnalysis在读取轨迹时,需要正确的盒子信息。LAMMPS的轨迹文件(lammpstrj)通常包含盒子的尺寸信息,但可能格式不正确,导致MDAnalysis无法正确解析。 用户代码中的错误出现在获取盒子信息时使用了`ts.triclinic_dimensions`。这个属性返回的是3x3的矩阵,而`distance_array`函数需要的box参数应该是一个包含六个元素的数组:[lx, ly, lz, alpha, beta, gamma]。因此,当用户直接将3x3的矩阵传递给`box`参数时,会导致错误。 接下来,我需要确认如何正确地从轨迹帧中提取盒子信息。MDAnalysis的`Timestep`对象有一个`dimensions`属性,返回的是六个元素的数组,前三个是盒子的长度,后三个是倾斜角度。如果系统是正交的,那么倾斜角度都是90度,即0弧度。因此,正确的做法应该是使用`ts.dimensions`而不是`ts.triclinic_dimensions`。 此外,还需要检查轨迹文件的读取是否正确。用户使用了`format="lammpsdump"`,这应该是正确的,但可能需要确认是否支持三斜盒子。如果轨迹文件中的盒子信息是正交的,`dimensions`属性应该正确返回六个元素。如果是三斜的,可能需要额外的处理,但通常MDAnalysis会自动处理。 因此,调整代码的关键点是将`box = ts.triclinic_dimensions`改为`box = ts.dimensions`。同时,添加异常处理或打印语句来验证盒子信息的正确性。如果`ts.dimensions`无法正确获取,可能需要检查轨迹文件的结构,或者手动设置盒子参数。 最后,总结解决方案,用户需要修改获取盒子的方式,并确保传递正确的参数给`distance_array`函数。此外,建议用户检查轨迹文件的格式是否正确,确保盒子信息被正确读取。</think>针对您在使用MDAnalysis进行分子动力学轨迹分析时遇到的`ValueError`错误,以下是分步解决方案: ### 错误原因分析 报错提示`Invalid box information`表明程序获取的周期性盒子信息格式不符合预期。MDAnalysis要求盒子信息必须是包含六个元素的数组:$$[lx, ly, lz, alpha, beta, gamma]$$,但实际获取的可能是3x3矩阵格式的三斜盒子参数[^4]。 ### 解决方案 #### 步骤1:修改盒子信息获取方式 将原来的: ```python box = ts.triclinic_dimensions ``` 改为: ```python box = ts.dimensions # 获取标准化的六元素盒子参数[Lx, Ly, Lz, α, β, γ] ``` #### 步骤2:验证盒子参数格式 在遍历轨迹时添加调试代码: ```python print(f"当前帧盒子参数: {ts.dimensions}") # 确认输出为6元素数组 ``` #### 步骤3:处理三斜盒子(可选) 若系统使用三斜盒子,需显式转换参数: ```python from MDAnalysis.lib.mdamath import triclinic_vectors # 转换三斜向量为六元素格式 box_vectors = ts.triclinic_dimensions box = triclinic_vectors(box_vectors) ``` ### 完整修改代码示例 ```python # 修改后的轨迹遍历部分 for ts in u.trajectory: print(f"Processing frame {ts.frame}") # 获取标准化盒子参数(关键修改点) box = ts.dimensions # 替换原来的triclinic_dimensions # 后续代码保持不变... o_si_dist = distance_array(oxygen.positions, silicon.positions, box=box) # ...(其他计算部分) ``` ### 验证建议 1. 检查轨迹文件头是否包含`ITEM: BOX BOUNDS`信息 2. 确认LAMMPS轨迹输出格式符合标准规范[^4] 3. 尝试使用MDAnalysis的调试模式: ```python u.trajectory.ts # 查看当前时间步的完整属性 ```
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